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标题:【求助】胶内酶解

junhun[使用道具]
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【求助】胶内酶解


请问觉得蛋白质质谱鉴定中,胶内酶解,人工挖点可靠吗?
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toy[使用道具]
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怎么不可靠呢?!对于胶点蛋白的鉴定就是胶内酶解消化上机。人工挖点一般应注意杂蛋白的污染,尤其是CoIP下来的蛋白,含量相对痕量切点是要做好防护防止角蛋白等污染。
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junhun[使用道具]
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但个人觉得用图片分析软件分析银染胶完后,挑选差异斑点,再用考染胶来做质谱,考染和银染还是有差别的,很容易就会挖错点,不敢保证你挖的那个点就是自己选的差异点。
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cwcwcww[使用道具]
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原帖由 junhun 于 2014-7-8 15:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
但个人觉得用图片分析软件分析银染胶完后,挑选差异斑点,再用考染胶来做质谱,考染和银染还是有差别的,很容易就会挖错点,不敢保证你挖的那个点就是自己选的差异点。 ...

为什么不直接考染分析,然后挖点啊!银染能看出差别的点,你也不一定能分析出什么蛋白,因为量太少啦!
不过这是我以前的经验,不知道是不是现在的机器敏感度更高!
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kuohao17[使用道具]
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原帖由 junhun 于 2014-7-8 15:57 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

请问觉得蛋白质质谱鉴定中,胶内酶解,人工挖点可靠吗?

肉眼可见的差异才明显
不然你按整块胶 按经纬度统统挖下来最不会遗漏
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junhun[使用道具]
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原帖由 cwcwcww 于 2014-7-8 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


为什么不直接考染分析,然后挖点啊!银染能看出差别的点,你也不一定能分析出什么蛋白,因为量太少啦!
不过这是我以前的经验,不知道是不是现在的机器敏感度更高! ...


现在一般都是银染分析的,灵敏度高,找出的差异点较多,但就像你说的在考染胶上不一定找得到,但是有些人就觉得差异倍数越高,可能这个点就变化的越大,一般都会用这些差异倍数高的点来做质谱,所以我说觉得不怎么可靠 。
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junhun[使用道具]
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原帖由 kuohao17 于 2014-7-8 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


肉眼可见的差异才明显
不然你按整块胶 按经纬度统统挖下来最不会遗漏

银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到,有时银染胶上这个点变化的很明显,但是考染胶上就看不到,那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定,人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗?
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sunnyB[使用道具]
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银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到,有时银染胶上这个点变化的很明显,但是考染胶上就看不到,那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定,人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗?

===========================================

我们做IP-MS 一般都只考染
因为考虑到下步的验证 肯定需要相互作用最明显的条带
你说到dot的话 应该是2D了吧
2D肯定还是做银染 个人还是建议人工挖
当然会遗漏一些
当然不想遗漏 主要做组学的研究 你还是判读后再挖吧
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junhun[使用道具]
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原帖由 sunnyB 于 2014-7-8 15:59 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
银染胶上看得到的差异不代表考染胶上也看得到,有时银染胶上这个点变化的很明显,但是考染胶上就看不到,那我去选这个差异斑点来进行质谱鉴定,人工挖点能够确保挖的就是我选的那个点吗?

================================== ...

嗯,是的,是2D ,做的也是蛋白质组学的研究,还有一个问题就是,我发现做1D相对2D 来说它的鉴定效果会差些呢?
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sunnyB[使用道具]
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原帖由 junhun 于 2014-7-8 16:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


嗯,是的,是2D ,做的也是蛋白质组学的研究,还有一个问题就是,我发现做1D相对2D 来说它的鉴定效果会差些呢?

你说的鉴定效果 是指假阳性还是假阴性(丢失)
1d容易前者 2d丢失多些
总的说 肯定是2d好呀
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