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标题:【讨论帖】定量PCR实验技术分享(解答定量问题)

standbyme[使用道具]
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首先谢谢你的回答 我的引物是刚刚设计的,BLAST后效果很好的,这条引物是从牛津大学的引物库中引用的,应该信得过,另外我做了电泳,目的基因142bp没有出来,倒是出来了两条非特异带,内参基因还可以,就是融解曲线不行,咋办?如何继续摸索呢,提高退火温度吗 那内参咋办呢以前做的内参就是这个退火温度,效果要比这个好的多,不知道为何,现在融解曲线不能用了

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你的扩增产物目的条带没有出来,我想提高退火温度还是出不来的。所以我感觉还是出现在引物这个环节上。
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standbyme[使用道具]
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我做荧光定量PCR已经快半年了,但是有一个问题一直无法解决,望大虾指教,多谢。问题是:标准品是qiagen试剂盒提的质粒,紫外分光光度仪进行核酸定量,计算出拷贝数/ul,然后10倍倍比稀释,从10*8~10*1/ul作为各梯度的标准品。
反映体系20ul,模板2ul。10*3、10*2、10*1及阴性对照,曲线几乎重合,无法分开。10*8~10*4的线性关系都很好,r值为1.7。
方法尝试过taqman和SYBR GREEN,都没法解决这个问题。
问题可能出在哪里?先谢谢了。

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每个仪器都有一定的检测限,不知道是不是你这个仪器的检测限比较差一些。建议你问一下仪器厂商的技术支持。
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大侠:我现在正做荧光定量PCR,想请教几个问题
1。我以表达某个基因阴性的细胞序列稀释表达阳性的细胞,抽提RNA、RT、real-time PCR,怎样才能确定检测的敏感度呢?要不要做统计?
2。内参的该怎样选择?有必要同时做内参的标准曲线吗?

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谢谢!
第1个问题不是很明白,请重述。
2内参基因是选择一些在细胞中表达比较稳定,且表达丰度比较高的基因作为内参基因。比如beta actin。
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请教引物的问题,谢谢解答!
我做的细菌是放线菌,粘性放线菌和内氏放线菌是我们实验室做的最多的,因此有标准菌,但是我的实验中还包括一些其他种类的放线菌,实验室里面并没有标准菌,我在genebank上下载到了这些放线菌的基因序列,并设计出来了引物,本来应该用标准菌检测一下引物的特异性的,但是如前面所述,没有标准菌,请问还有没有方法可以检查引物的特异性,比如在pubmed上有blast打分,能不能检测特异性,会不会得到公认?万分感谢!

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引物设计最后应该blast一下。你想确认一下特异性,除了BLAST,还可以用你的非标准菌直接用PCR扩增,然后跑电泳看看是否有非特异性条带。建议两者结合一下。
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二丫头466[使用道具]
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求助战友,我遇到一个难题,年初设计的试验到做的时候才发现试剂盒买不到,求助各位战友,谁知道国内外哪家试剂公司生产MDR1(肿瘤多药耐药基因)的荧光定量PCR的试剂.
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yapuyapu[使用道具]
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我是用sybgren 1 做 real time ,因为sybgren是非特异结合双链,所以一般要在最后加上一个延伸温度 (大于非特异物TM而小于产物的TM温度)?

以使非特异的小片段解链.

但我现在做的溶解曲线和电泳的结果都很好,没有见杂带,能否省去这步?

另外还想问一下:加了那个延伸温度一定能把非特异物在sybgreen 1 的溶解曲线上产生的峰去掉??如图上的黑圈
条件优化 与加了那个延伸温度比哪个效果更好
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六个梦[使用道具]
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每个仪器都有一定的检测限,不知道是不是你这个仪器的检测限比较差一些。建议你问一下仪器厂商的技术支持。

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我做荧光定量PCR已经快半年了,但是有一个问题一直无法解决,望大虾指教,多谢。问题是:标准品是qiagen试剂盒提的质粒,紫外分光光度仪进行核酸定量,计算出拷贝数/ul,然后10倍倍比稀释,从10*8~10*1/ul作为各梯度的标准品。
反映体系20ul,模板2ul。10*3、10*2、10*1及阴性对照,曲线几乎重合,无法分开。10*8~10*4的线性关系都很好,r值为1.7。
方法尝试过taqman和SYBR GREEN,都没法解决这个问题。
问题可能出在哪里?先谢谢了。

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您好,我也遇到了和an1212战友相似的问题,10*4Ct值只有28左右,后面再稀释就不出现起跳了。我的机子可以检测到35个循环以上。请问这是什么原因?
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u234[使用道具]
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你好,有个困扰我的问题想问下.
我用Taqman探针,阴性(空体系)上机时也会出现很好的扩增曲线,大约8个里总会长1~2个,这应该不是试剂污染,可能是什么原因呢?
还有,
有时做灵敏度测定,空体系有扩增,而低浓度反而不长,实在很怪.

盼解答!
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zhenxin[使用道具]
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请教引物的问题,谢谢解答!

我做的细菌是放线菌,粘性放线菌和内氏放线菌是我们实验室做的最多的,因此有标准菌,但是我的实验中还包括一些其他种类的放线菌,实验室里面并没有标准菌,我在genebank上下载到了这些放线菌的基因序列,并设计出来了引物,本来应该用标准菌检测一下引物的特异性的,但是如前面所述,没有标准菌,请问还有没有方法可以检查引物的特异性,比如在pubmed上有blast打分,能不能检测特异性,会不会得到公认?万分感谢!

引物设计最后应该blast一下。你想确认一下特异性,除了BLAST,还可以用你的非标准菌直接用PCR扩增,然后跑电泳看看是否有非特异性条带。建议两者结合一下。

万分感谢您的回答,我的引物BLAST,特异性还可以,跑出的条带也很好,没有特异性条带,且与预计扩增的长度大小相一致,只是如果我这样写文章,要投国外的杂志,就是不晓得能不能得到国外同行的认可,多谢您再次的解答!
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挖挖挖[使用道具]
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你好,有个困扰我的问题想问下.

我用Taqman探针,阴性(空体系)上机时也会出现很好的扩增曲线,大约8个里总会长1~2个,这应该不是试剂污染,可能是什么原因呢?

还有,
有时做灵敏度测定,空体系有扩增,而低浓度反而不长,实在很怪.

盼解答!

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应该是污染,但应该不是试剂污染,而很有可能是你的仪器上有PCR产物,在运行的时候会产生气融胶,跑到管子中去,建议和仪器厂商的联系,看怎么清洗一下仪器。还有可能是你在操作过程中是否会操作不当,带入一些模板到阴性管中去呢?
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