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标题:【讨论帖】定量PCR实验技术分享(解答定量问题)

gogo[使用道具]
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我刚准备做定量,请教一下
  1不知道伯乐的机子怎么样?
  2请推荐几个合适的SYBR GREEN的盒子,1000以内的(没钱不好办啊),我大约做20个样,谢谢
  3现在对SYBR GREEN认可吗?
预先谢谢!
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谢谢指点
让我豁然开朗

那是不是sybr染料主要就是对应于b虑光片呢
分析主要用b虑光片的荧光值?

还有,用不同的试剂盒,作出来的Tm值有些会差距1度左右
请问这是怎么回事,产物应该是同一个
我用takara和普通的pcr试剂盒做出来是一样的
但是用理生的real试剂盒做出来是少1度的
觉得有些奇怪

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这位老兄好像做的很多是硬件方面的。不知道你用的是什么机型,俺也学学,毕竟我用的仪器也不多。那个滤光片,你可以看一下操作手册。

Tm值有一度的变化可能原因在于试剂盒的组成不同,离子浓度不同,对Tm有一定的影响。
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我刚准备做定量,请教一下
  1不知道伯乐的机子怎么样?
  2请推荐几个合适的SYBR GREEN的盒子,1000以内的(没钱不好办啊),我大约做20个样,谢谢
  3现在对SYBR GREEN认可吗?
预先谢谢!

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1、伯乐的机子不错。
2、takara的试剂盒,大概在1500元,400个反应。
3、大部分人做还是用sybr green I的。这是最常用的染料。
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谢谢
一点即通啊

我的机型是ABI7000的,我不作硬件,只是好奇
多了解一些原理,可以更好的做实验
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基线就是背景值,因此就是曲线在没有“起跳”之前的一段。在软件上有一个地方可以输入
baseline从第几到第几cycle作为基线。设置原则是使没有起跳之前最多的cycle的信号接近0。

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您好。先谢谢你。
不过,基线在软件上是可以自己手动拉的。很少有去设置具体的循环数。
因为在定量PCR中,基线的位置关系到CT值,而我对基线的定位却十分模糊,更本不知道怎么去确定基线的位置。所以请大侠能详细一点,或者能给个具体的例子吗?
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gogo[使用道具]
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恩,还有,大侠,再请教一个问题。
引物和探针对CT值有什么影响呢?
谢谢
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newway[使用道具]
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请问大侠,
1、扩增出来的曲线不光滑是怎么回事,应该怎样调整体系?
2、扩增的增益值有的高有的低,它主要与什么相关?
3、降低Ct值,除了加大浓度,还有什么需要改进的?
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QUOTE:
原帖由 gogo 于 2014-7-27 16:13 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
恩,还有,大侠,再请教一个问题。
引物和探针对CT值有什么影响呢?
谢谢


首先要保证引物能够跟模板完全配对,
第二,引物应该是过量的。
第三,引物不应该形成引物二聚体。
也说白了就是要保证体系的扩增效率尽量地达到2并且没有非特异性扩增。在保证这个前提之下引物对CT值是没有影响的。
如果第一和第二没有达到,应该CT值会变大。如果第三没有达到那么CT值应该变小。

1探针应该与模板完全配对,并且有一定的长度,浓度过量。2。保证探针能够特异性地完全结合在模板上。

1没有满足CT值会变大。 2没有满足CT值可能变小。
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QUOTE:
原帖由 newway 于 2014-7-27 16:14 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

请问大侠,
1、扩增出来的曲线不光滑是怎么回事,应该怎样调整体系?
2、扩增的增益值有的高有的低,它主要与什么相关?
3、降低Ct值,除了加大浓度,还有什么需要改进的? ...

1、扩增曲线不光滑应该与体系关系不大(除非你的体系里头是浑浊的)。主要与操作和仪器本身及分析过程相关。
2、扩增的增益值(最终的荧光信号值),正常情况下与体系中的任何一个因素都有关,随着PCR产物的增加。那一种成分首先成为短缺资源,那么最终的荧光信号值主要与之有关。为什么基本上是相同的体系,最终的荧光信号值会不一样,这个我也没有想明白,估计可能和加样的体积误差有关?
3、在你的扩增效率已经非常接近2的时候,除了加大模板浓度之外目前没有其他有效方法。
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小螺号[使用道具]
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您好。先谢谢你。
不过,基线在软件上是可以自己手动拉的。很少有去设置具体的循环数。
因为在定量PCR中,基线的位置关系到CT值,而我对基线的定位却十分模糊,更本不知道怎么去确定基线的位置。所以请大侠能详细一点,或者能给个具体的例子吗?

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不知道你用什么仪器?基线的设置我用过的都是输入数字的,手动拉的是thresthold。你是不是概念错了?基线的设置我上面应该说清楚了。
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