小中大我觉得表达蛋白之前先做测序，比较保险，还是比较常规的思路。在起始密码字的位置出错的，有很多，很致命。
最后，在引物中发现错误是必然会有的，哪家公司都是，只是比例高低的问题，遗憾的是，现在国内公司合成引物的纯度越来越低了，所以测序发现错误的也越来越多。也许有的同学会发现换一家公司就好了，其实说不定哪一批引物也碰到质量问题，这其实就是个概率问题。当然，有时候某一批引物质量特别差，就会出现楼主所说的问题。
建议：如果急着出实验结果，连接转化完之后直接挑2－3个克隆去测序，不要去跟公司讨论什么测序费用谁出的问题了，没用的，现在国内引物合成的现状就这样。多挑几个测序，看似花钱多，实际上后面省心很多。如果是长引物（60bases左右），首先特别不建议合成，实在没办法，那就只有多挑克隆，挑上四五个才找到正确的是 很平常的事情。
