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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

idoww[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢 ！倒是也有类似名称的文件 ，是原始文件吗？这种文件是不 是 可以 用很多 软件 打开  ，比如  Chromatogram，我 每次就 是 用 Chromatogram打开并分析序列。你经常强调ABI原始文件， 我以为和蜂型图是一回事，请问这种文件还可以用什么软件打开啊

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峰型图就是原始文件，只不过你没有相应软件无法看更多信息而已。
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birdfish[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
测序没什么问题的，我就是想弄清楚什么是原始文件。
zxyapple兄，我怎么能弄到abi自己的软件啊，软件名称是什么啊？谢谢
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小鱼鱼[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
新人问一个初级问题，请各位大侠帮帮忙：

我提取自行筛选的具有某种功能的菌株的DNA后，进行PCR扩增测序，将序列上传Genbank后，与数据库中的序列进行比对，以达到鉴定菌株的目的。但数据库中出来的同源性最高的菌株并不是唯一的，通常有好几个，且并不是同一个属的（当然是性质相当接近的属，否则这种方法就太不靠谱了），有时虽然是同一个属，但是不同种的，在这样的情况下，我如何确定自己的的菌的鉴定结果？
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xue258[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
那要看你的功能怎么定义

我还没是没明白你做了blast后
怎么鉴定，就是看和同属的菌的基因组
相似度吗
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
对啊，理论上是我要鉴定的菌跟库里同源性最高的那个菌是同一个属种的，但我现在遇到的问题就是同源性最高的有好多菌，而且不是一样的，不知道应该算哪个呢
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢！ 我已经下了一个SeqScanner。再请教，我的一个序列200bp，我测了18次，在其中一处有的地方是A，有的是G，参考序列是G，但是A的有十二个，不知道此处是否算做SNP，对了，没出现套峰，就是单纯的A或G。关键你的序列找snp前要拼接，不要自己看[/quote]，怎么拼接啊?

还有，你说测序原始文件还可以看到很多其他信息 ，请问，用SeqScanner可以看到些什么重要信息？再次谢谢！碰到专家不容易啊
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发表于 2014-7-29 18:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
对啊，理论上是我要鉴定的菌跟库里同源性最高的那个菌是同一个属种的，但我现在遇到的问题就是同源性最高的有好多菌，而且不是一样的，不知道应该算哪个呢

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这个你最好根据高变区或者是snp等marker
做进化树，看看那个菌和你的距离最近
保守区估计都差不多
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你自己去abi网站去找吧，有免费的SeqScanner.exe
关键你的序列找snp前要拼接，不要自己看

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谢谢！ 我已经下了一个SeqScanner。再请教，我的一个序列200bp，我测了18次，在其中一处有的地方是A，有的是G，参考序列是G，但是A的有十二个，不知道此处是否算做SNP，对了，没出现套峰，就是单纯的A或G。
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
关键你的序列找snp前要拼接，不要自己看

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怎么拼接啊?

还有，你说测序原始文件还可以看到很多其他信息 ，请问，用SeqScanner可以看到些什么重要信息？再次谢谢！
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abc816[使用道具]
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发表于 2014-7-29 18:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你是不同样本吧
你去找一个DNASTAR软件
用seqman程序做拼接，应该在那个地方看到
只有纯和一般来说不是特正常，多测点看看再说吧
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