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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
请教，怎么寻找SNP位点，需要做那些工作呢？

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你可以试试SNPBrowser这个软件。另外，为什么还要用RFLP这么古老的方法呀。你可以考虑试试其他方法，比如飞行时间之谱（MALDI-TOF），snplex等等。不过用什么方法还是主要取决于你的试验目的。
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nn255[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你们都叫哪个公司帮你克隆测序的？只提供pcr产物，要求克隆、测序，哪个公司比较好，什么价？
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ladyhuahua[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
小弟问一个比较菜的问题，我想做一个基因KLOTHO的SNP 但是我在PUBMED的SNP查询上，没见有结果，或者是只有动物的SNP结果，没有人的SNP结果，这是怎么回事，可我看见有的论文做过关于这个基因的SNP啊，这是怎么回事，是不是我就不能做这个基因的SNP了？

还有，我查询另一个基因的SNP人类的有72个结果，我应该确定几个作为我的备选呢，如何确定呢？

谢谢……
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kuohao17[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问一般测序的序列都很准确嘛？
我的是1000以内的
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summerxx[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
终于等到高手了。我刚去国外的实验室学习，这两周都测序失败，很沮丧，时间很快啊，语言又不好...我做的六个标本，均是转导到质粒，miniprep后酶切正常，用m13通用引物双向测的。只出来了一个f，还短，其他的都是nnnnnn。
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发表于 2014-7-29 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

前50后100基本上会有很高的出错率
其它位置只要没有结构信噪比好没问题
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发表于 2014-7-29 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
终于等到高手了。我刚去国外的实验室学习，这两周都测序失败，很沮丧，时间很快啊，语言又不好...我做的六个标本，均是转导到质粒，miniprep后酶切正常，用m13通用引物双向测的。只出来了一个f，还短，其他的都是nnnnnn。


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这个我看一下，你的载体是什么 你可以自己拿序列做一下blast
如果都是载体，应该是小片段污染 是pcr产物片段马？
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这个我看一下，你的载体是什么 你可以自己拿序列做一下blast
如果都是载体，应该是小片段污染 是pcr产物片段马？

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my answer: 1.my vector is pgem-t easy 2. blast result 96%, but it is short.
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yychen[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
小弟问一个比较菜的问题，我想做一个基因KLOTHO的SNP 但是我在PUBMED的SNP查询上，没见有结果，或者是只有动物的SNP结果，没有人的SNP结果，这是怎么回事，可我看见有的论文做过关于这个基因的SNP啊，这是怎么回事，是不是我就不能做这个基因的SNP了？

还有，我查询另一个基因的SNP人类的有72个结果，我应该确定几个作为我的备选呢，如何确定呢？

谢谢……

======================================================

不能参照别的物种或人种的snp信息，差别会很大的
你只能去cuturl('www.hapmap.org')去找这个基因chb（中国北京汉族）的 tagsnp
来作为备选
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 sunbent 于 2014-7-29 17:23 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
这个我看一下，你的载体是什么 你可以自己拿序列做一下blast
如果都是载体，应该是小片段污染 是pcr产物片段马？

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my answer: 1.my vector is pgem-t easy 2. b ...

你pcr建议切胶纯化
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