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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-30 14:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有人用Pryosequence测序检测基因甲基化情况吗？我先做的MSP，设计引物的时候发现DNA序列没有CpG岛，但是也可以扩出目的条带。问题是如果针对这段靶序列设计Pyrosequence的话，只能检测2个CpG。是不是CpG太少没有说服力啊？那这样我的前期试验都白做了啊？求助！！！

======================================

我认为你测序验证一下就可以了
至于是不是要有说服力要看你甲基化水平
和基因的关系了
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IAM007[使用道具]
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发表于 2014-7-30 14:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我把PCR产物送去纯化，测序。发现测序结果差别很大。
最先做的都是正常人。但是有的和序列一致性有97%，有的只有75%。
而且长度也比序列少了50多个碱基（本来是1.1kb)
这样的结果怎么做SNP查找啊。发愁。
恳请帮忙看看。谢谢。
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发表于 2014-7-30 14:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我把PCR产物送去纯化，测序。发现测序结果差别很大。
最先做的都是正常人。但是有的和序列一致性有97%，有的只有75%。
而且长度也比序列少了50多个碱基（本来是1.1kb)
这样的结果怎么做SNP查找啊。发愁。
恳请帮忙看看。谢谢。

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这个首先你应该应用dnastar或者其他软件把测序结果进行拼接
后对应参考序列再做snp查找
你的第一个序列是在中间有一个一条染色单体的缺失，也就是杂合性确实
第二条序列后500bp测序质量不好，应该是纯化问题
单条测序很难达到1.1kbp建议双向测序接在一起，pcr测序找snp重点是纯化
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zhenxin[使用道具]
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发表于 2014-7-30 14:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想检测某个SNP与疾病是否存在联系。
我查了一下周围的序列，是AGGTGAAGAGGAGCCCTGAGAAGTTT
                         [C/T]
                        AGTAGAGGAGTGACATGACTTCGTT
我怎么感觉这个序列这么短啊，我要是想做PCR的话，要针对这段序列来设计引物吗？
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2014-7-30 14:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

各位大侠：
    早上好！我刚刚涉足人类单核苷酸多态性，想请教些问题？
    如何寻找特定基因的位于启动子区域的SNP位点，并且可以采用限制性酶切的方法进行试验（在pubmed里搜索发现特定基因的SNP位点特别多，不知道哪个才是符合我要求的位点）！怎么样确定用于酶切的酶？另外SNP位点的引物必须自己设计吗？是否可以通过其他方法得到？小女子在这里谢谢啦！
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-30 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想检测某个SNP与疾病是否存在联系。
我查了一下周围的序列，是AGGTGAAGAGGAGCCCTGAGAAGTTT
                         [C/T]
                        AGTAGAGGAGTGACATGACTTCGTT
我怎么感觉这个序列这么短啊，我要是想做PCR的话，要针对这段序列来设计引物吗？

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你可以做一下blast然后把这个点的周围序列提出来
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-30 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
各位大侠：
    早上好！我刚刚涉足人类单核苷酸多态性，想请教些问题？
    如何寻找特定基因的位于启动子区域的SNP位点，并且可以采用限制性酶切的方法进行试验（在pubmed里搜索发现特定基因的SNP位点特别多，不知道哪个才是符合我要求的位点）！怎么样确定用于酶切的酶？另外SNP位点的引物必须自己设计吗？是否可以通过其他方法得到？小女子在这里谢谢啦！

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一般来说启动子区长为1-3kbp
至于snp是不是可以被酶切，现在好多数据库
都没有了，有个笨的办法就是把序列拿出来
用dnastar或者neb公司网上酶切工具找到
酶切位点，在对应hapmap数据库中的snp
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发表于 2014-7-30 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问大虾，一个笨问题，Pfu P出来的4KB产物，如何克隆测序啊。产物序列未知，如何选载体啊？ 谢谢
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yueban-1147[使用道具]
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发表于 2014-7-30 17:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有谁知道什么是易感分数啊？求助啊！
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