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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

fei1226com[使用道具]
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你好。
      我上周将PCR的产物纯化以后给生物公司测序,结果他们测出来的序列我到网上比对不是我做的物种,而是我们教研室其他同学做的物种。是不是我在回收的过程中污染了呢,还是提取DNA的时候就污染了呢。
      我提取的试剂和实验用的移液器都是自己用的。除了切胶回收的时候大家是一起用的一个板子。
      麻烦你帮我分析一下原因,我以为自己测完序就能写论文毕业了,现在出现这种情况,急啊。
      在线等答案,谢谢楼主。
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sunbent[使用道具]
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最有可能使他们编号错误
我建议让他们重做
污染的可能性有,但比较少
还是在编号改名的情况多见
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sunbent[使用道具]
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有没有可能就是生物公司测不出来,完了随便拿一个测序的结果给你呢
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vcve[使用道具]
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你pcr建议切胶纯化

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您是指的RT-PCR得到目的DNA的那一步吗?我是跑胶,切胶,纯化后再接载体的。1.现在测序的图上看是因为套峰所以判断为纯度不够所致吗?我的质粒的260/280在1.8左右啊还不行吗?2. 还有可能是其他的什么原因吗?
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sunbent[使用道具]
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小弟问一个比较菜的问题,我想做一个基因KLOTHO的SNP 但是我在PUBMED的SNP查询上,没见有结果,或者是只有动物的SNP结果,没有人的SNP结果,这是怎么回事,可我看见有的论文做过关于这个基因的SNP啊,这是怎么回事,是不是我就不能做这个基因的SNP了?

还有,我查询另一个基因的SNP人类的有72个结果,我应该确定几个作为我的备选呢,如何确定呢?

谢谢……

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你在NCBI上是查的基因符号是 kl吗? 你看看是不是这个网址:
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?chooseRs=all&amp');locusId=9365&mrna=NM_004795.2&ctg=NT_024524.13&prot=NP_004786.2&orien=forward&refresh=refresh
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duoduo[使用道具]
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请教一下,我现在在做宫颈癌相关基因的SNP,标本是用的是宫颈癌组织,但大部分文献上用的标本是人外周血,想问下,现在SNP使用外周血是基于什么原则,我现在所用标本会不会影响实验结果,对实验合理性有什么影响?谢谢,
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wu11998866[使用道具]
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外周血就是人本来有的啊,就是遗传的,但是组织就有可能是局部突变的。也就是后天的因素了。这里有个例子,供你参考:非小细胞肺癌,EGFR等基因在组织中的突变类型跟后期用药的效果是相关的,检测病变组织中EGFR等基因的情况可以指导用药。但是外周血中的SNP等信息可能可以来预测单独个体的肺癌的可能,就是遗传上的倾向。
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fox_79[使用道具]
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请教一下,我现在在做宫颈癌相关基因的SNP,标本是用的是宫颈癌组织,但大部分文献上用的标本是人外周血,想问下,现在SNP使用外周血是基于什么原则,我现在所用标本会不会影响实验结果,对实验合理性有什么影响?谢谢,

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要找的snp都可以使用正常组织和血液
没有什么区别的
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fox_79[使用道具]
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各位帮忙分析一下,为什么我的测序结果是这样,第一次正向测的,感觉图很乱,有反向测乐,结果还是很乱,

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这个是由于你的pcr产物太短
纯化不够干净,有pcr的双向引物和二聚体
残留,干扰测序引物 建议设计特意的测序引物
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sunbent[使用道具]
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哦,还有,我这个测序图89 bp的A 峰为什么那么低,结果准确吗,因为我做的酶切结果正好相反,酶切结果跑胶后很明显,所以矛盾,郁闷阿  ,谢谢,问题太多,我是新手,时间有限,烦。。。。。。

那地方就是应该是a,太低时由于

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两侧c 峰的波长干扰,也就是c峰还没有
衰减完a峰就出现了,计算机计算重建的时候
a峰的部分荧光值被错误的认为是前一个c峰的
就会这样
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