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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
不是看峰高低的，要看信号的高低的，都1000以上了

==============================================

信号只是一方面，但不能只重信号来看
，测序的峰高其实是反映模板和引物的配比情况
也就是反应效率，模扳量多一般指和引物相对，而且
只要是bigdye对于模板和引物有比较高的要求，pcr测序
模板控制在30-100ng引物在1-10pm，质粒测序控制在50-300ng
引物1-5pm最好
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这关键在于质量提取以后dna德模扳量
不知道你们是否跑电泳或者定过量

===========================================================

你好，每次胶回收后都再跑一次电泳来看看条带亮度的。每次的亮度都还不错的。
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yueban-1147[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
那你和他们测序地说
比较亮，建议稀释一下
作测序，还有最好把你测序结果的原始
峰图发上来看看
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flower-201[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教楼主，四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tet ra2 primer amplification ref ractory mutation system polymerase chain reaction ,tetra-primer ARMS-PCR)检测已知的SNP效果如何？老外承认这种方法吗？谢谢
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这个有一段时间很多人做
但随着新技术的发展，这种方法的假阳性和
不好判断就造成用的人越来越少了，我认为技术过硬
还是没问题的，但要测序验证
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xue258[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我有两个片段拿去生工测序,分析后发现其中一个有两个碱基发生了变异,并且氨基酸也变了,分别是在47位由苏氨酸变为丙氨酸，在69位由赖氨酸变为精氨酸。.另一个片段也变异了一个碱基,且氨基酸也变了，在第7位由甘氨酸变为谷氨酸.不知道这样对后面的实验影响大不大呢?
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发表于 2014-7-29 17:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我有两个片段拿去生工测序,分析后发现其中一个有两个碱基发生了变异,并且氨基酸也变了,分别是在47位由苏氨酸变为丙氨酸，在69位由赖氨酸变为精氨酸。.另一个片段也变异了一个碱基,且氨基酸也变了，在第7位由甘氨酸变为谷氨酸.不知道这样对后面的实验影响大不大呢?

=====================================

1、方便把你的原始文件放上来看一下吗，这样说
不能确定是不是真的突变
2、你的试验目的是什么，你没说清楚没法评估
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fsdd817[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请高手赐教：我想扩一段长约３３００ｂｐ的ＤＮＡ启动子区，结果在设计引物时遇到了麻烦，恰好在启动子区时，引物的非特异性条带很多，若引物设计评分比较高时，扩的条带大概得３６００左右，不知用哪个引物更好些？潮式ＰＣＲ可以解决这个问题吗？
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sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 fsdd817 于 2014-7-29 17:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请高手赐教：我想扩一段长约３３００ｂｐ的ＤＮＡ启动子区，结果在设计引物时遇到了麻烦，恰好在启动子区时，引物的非特异性条带很多，若引物设计评分比较高时，扩的条带大概得３６００左右，不知用哪个引物更好些？潮式ＰＣＲ可以解决这个问题吗？
...


你接下来要做什么
你已经用引物做过试验了吗
非特异性扩增的问题很难解决，在考虑换引物
巢式pcr在非特异扩增上没有梯度有效
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qianqin1977[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请高手指点，k-ras基因的SNP与疾病的相关性研究还有意义吗？如有，有那些切入点，谢谢！
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