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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 qianqin1977 于 2014-7-29 17:38 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请高手指点，k-ras基因的SNP与疾病的相关性研究还有意义吗？如有，有那些切入点，谢谢！

有一定的意义，关键看你怎么看待这个基因
现在冲遗传的角度，可以考虑这个基因的突变对于
肿瘤发生的影响，也可以考虑作为生物学标志物评价
肿瘤的预后，至于基因本身的功能作用，单纯用snp来做
就有点困难了，应该联合基因的表达调控
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moonlight45[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请高手指点一下，我做的是一个玉米cDNA片段，而我的测序结果，和我的目的片段不符合。
我NCBI上blast了一下，相似最高的是Cloning vector pJG4-5 (pB42AD), complete sequence。和Cloning vector pEZY45, complete sequence。
不知道怎么回事。
是不是cDNA模板污染了呢。
我当初扩PCR是扩了好多次才出来条带。
用pmd18-t连接转化，PCR鉴定没用通用引物。
阳性的测序。
测出的结果却是这样的。
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发表于 2014-7-29 17:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
很有可能
是你转化的时候绝大多数阳性克隆
都是pcr产物中的小片段
，不是你要的片段
你可以把你的质粒dna和空载dna一起跑一下
电泳，看一下是不是有完整的插入片段
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tudou85[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不同标本相同PCR产物的测序图会一致吗？包括背景峰？

说正题吧：我在做一批病人标本的基因扩增，通过测序寻找可能的突变，今天受到的结果发现某些不同标本的测序彩图峰竟然出奇的一致，详见附件。我测得基因在X
染色体上，男性，按理说不可能出现杂合现象！我要求用的是胶回收纯化，按理说背景峰应该很小！请问：
1.这些十分相似的峰对于不同标本可能出现吗？
2.会不会是他用一个图给我修改的？骗我？
3.同一个标本如果先后测序2次，得到的峰型会一致吗？

先谢谢了！
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发表于 2014-7-29 17:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1、你必须和他们要测序的原始文件，这种图像文件不能说明什么
有些图是很相似，但没有原始文件我也不能说就是造假
2、如果测序作得很好，有可能大致上很相同，但细节绝对不一样
这个不会出现2个完全一样的峰图
3、一个样本测2次如果反应作的好，峰型大致是一样的
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发表于 2014-7-29 17:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我有个问题想请教一下高手，我扩增一个病毒的全基因（M、NS、NP。。。。），但是有个别基因片段扩增了很多次了就是不出或者条带弱到无法回收做测序用，想问一下原因？ 谢谢
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发表于 2014-7-29 17:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你引物自己设计的还是找的
这个原因很多不太好说
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xiaoxiaoniao[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
其他样品都能PCR扩增出来，就是个别的病毒有扩增不出或者很弱的条带的现象
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xyw5[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我的pcr产物126bp，被内切酶切开的几率不到10%，这试验可以做下去吗？我切了十几例都还没有切开
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小野花[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你那个区域变异有多大
你是要找变异区变异位点？
这种情况最多见得就是高变区变化
比较大，只能多设计组合引物
还有就是那你最靠近的pcr产物去做
测序，然后采用末端延伸的方法，把这段
测出来
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