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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

mimili_901[使用道具]
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你先去找找这个位点用那个切酶
可以多看几个网站
然后选择酶,常规应该有国产和进口的
在就是pcr的试剂,如果没做过实验建议用mix
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windy+++[使用道具]
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我是一个新手,想问一下我手头已有提好的血标本的DNA,要测某个基因的SNP位点,想用酶切的方法做。想请教一下,我一共要准备哪些试剂,怕到时东西不全,实验时间会影响,谢谢哪位高手指导!

======================================================================================

第一步:PCR扩增,需要Taq酶、缓冲液和Mg离子(Taq酶会送),dNTP,ddH2O,引物1对(需设计,找公司合成)
第二步:check PCR产物,琼脂糖电泳或PAGE电泳,前者简单,建议使用,需要琼脂糖;需EB或类似的荧光染料
第三步:内切酶及缓冲液(设计好酶切位点)
第四步:读结果,需电泳,与第二步类似

可能要的仪器:PCR仪、凝胶成像系统、电泳漕及电源

另外,不是每一个位点都可以用酶切做的,不建议设计错配引物,不好做,酶太贵也不合算
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zzzz[使用道具]
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我想通过测序找基因组DNA中的杂合位点,请问我应该向测序公司要哪些资料,1,序列 2,图谱 还有其它的吗?我看你提到测序的原始文件,具体是什么啊?

还有一个问题,做测序找SNP,我是要依次设计引物然后PCR,连到T载体送测序公司测序吗?还是直接给他们序列让他们测?谢谢!
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wood533[使用道具]
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序列没有实际用处
必须要原始文件,就是测序.abi文件
然后用软件做拼接处理,再找snp
直接pcr,纯化后测序就可以了,不需要做克隆
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redbutterfly[使用道具]
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我的基因有20个外显子,最小的15bp,最大的190bp。我现在做突变筛查,请问在设计引物的时候,pcr产物一般要多大,才能确保测序过程中能把这些外显子序列测得准?谢谢!
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plaa[使用道具]
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如果你的外显子都分布很开,那么就要
一个pcr一个外显子,pcr设计最好在500-700bp
把外显子放在中间,这样测序结果最好
如果基因本身就不大,建议直接做long pcr,然后
设计测序引物分段测序就好了
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mimili_901[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 plaa 于 2014-7-29 17:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
如果你的外显子都分布很开,那么就要
一个pcr一个外显子,pcr设计最好在500-700bp
把外显子放在中间,这样测序结果最好
如果基因本身就不大,建议直接做long pcr,然后
设计测序引物分段测序就好了 ...


还想问多一个问题,我的基因组DNA全长约 200000 bp,long pcr能p的基因要在多大范围之内?谢谢~
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qhyu[使用道具]
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200k太长,一般都是3-10k以内
你还是一段段扩增吧
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fei1226com[使用道具]
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能否给一个你所指的ABI文件,测序公司给我发的测序结果中给出的ABI文件就是那种峰型图啊,疑惑啊
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uuooii[使用道具]
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谢谢 !倒是也有类似名称的文件 ,是原始文件吗?这种文件是不 是 可以 用很多 软件 打开  ,比如  Chromatogram,我 每次就 是 用 Chromatogram打开并分析序列。你经常强调ABI原始文件, 我以为和蜂型图是一回事,请问这种文件还可以用什么软件打开啊
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