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绝对不能用在做LC-MS的流动相系统中加甲酸钠或醋酸钠。
因为无论你使用ESI还是APCI源，这样的盐类都不能挥发，结果很可能是堵住离子源后方的加热毛细管，这时问题就很严重了。
我不大清AB，Agilent的公司的质谱仪对于不挥发性的盐的耐受能力如何，但是就我们实验室的几台Finnigan公司的质谱仪情况来看，无论是离子阱质谱仪还是三重四极杆的质谱仪，都不能在流动相系统中加入不挥发性的盐类。如果实在是必须在流动相中加缓冲盐以调节峰形，我使用的唯一的缓冲盐就是可以挥发的醋酸铵，而且浓度也严格控制在10 mM以下。即便这样，晚上作完实验打开仪器的离子源也还是发现在离子源里有层白色的膜。
总之，对于LC-MS，能不用盐就尽量不要用缓冲盐了。若做的药物对于正离子响应好，一般采用甲醇-水-甲酸系统或乙腈-水-甲酸系统就完全可以搞定；若做的药物对于负离子响应好，一般采用甲醇-水-氨水系统或乙腈-水-氨水系统也完全可以搞定。
从我的经验来看，M+Na峰离子确实不稳定，对M+Na峰进行二级全扫描质谱分析，几乎不可能得到稳定的二级碎片离子。M+Na峰和M+NH4峰的情况是类似的。我做过大约30个药物的体内样品LC-MS-MS定量分析，约有10%的药物出现M+Na峰或M+NH4峰，我从来不用它们做定量分析的离子。我认为很难做好。
关于药物产生M+Na峰和M+NH4峰的情况，我曾咨询过一些高手，包括我的老板，他们的观点是：药物产生M+Na峰或M+NH4峰，属药物本身的性质所决定，主要与该药物的碱性有关，一般情况下，碱性稍弱的药物易于产生M+Na峰或M+NH4峰。
据我所知，醋酸钠是不挥发性的
做酰胺药物，正负离子都会有质谱响应，我建议你试一试负离子 在流动相中加一点氨水吧，比例是0.1-0.5%的5%的氨水。不要用太高了，否则废柱子。
不过一般还是正离子好做，至少对于Finnigan的质谱是这样。
不知道你是否试过在离子源内加上一点源内CID电压，有时可能会收到异想不到的效果。
