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标题:【求助】用21F, 519R试图PCR 古菌,尝试了各种条件都P不出来...

youyou99[使用道具]
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【求助】用21F, 519R试图PCR 古菌,尝试了各种条件都P不出来...

如题,大小500bp。
尝试了改变退火温度(48-58,48-61℃),增加了DNA模板量(约50ng,100ng)改变了引物量(0.2,0.4,0.6,0.8,1.0),还尝试了用touch-down (55-48℃),结果都没P出条件。

大致的电泳图就是这样的,做左边和最右边有条带的都是marker中间的较亮的一条也是marker,只是添加了另一种核酸染料。

请问可以怎么改进?有没有人做过类似的试验?是不是我选的引物不好P出来呢?在我查看的文献里面,只要涉及到519R的都是通过先P21F,958R,再用touch-down pcr P一小段出来测序的。


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2014-10-28 16:17
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youyou99[使用道具]
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补充一下:后续准备做454高通量测序,紧急求助!
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zwsyrt[使用道具]
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这个没做过,只做过16S的,祝你好运~~~
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一般情况下P不出来如果是不操作和试剂的问题,就是引物的特异性,我用过这个引物,有的样品也做不出来,换引物就出来了。另外不方便换引物的话,换酶——目前我用的比较好的是Takara的LA Taq,需要的话加BSA(Takara的质量可靠些),向你模板量应该是足够的,一般不用加那么多,10ng就足够了,有的环境样品模板加的多反而抑制反应……
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youyou99[使用道具]
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谢谢你的回答,今天又做了一批试验,改用omega的PCR mix,升高PCR程序的退火温度到65-50,加入BSA,终于跑出条带了,但是用同样条件换成Takara 的mix,却出不来条带。而且我需要用末端不加A的酶,所以只能用Takara的这个,今天又在试条件,太伤悲了!
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junhun[使用道具]
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如果用其它的能做出来,一般用其它的也能做出来,只是条件需要好好摸索,Takara的酶还是比较好的
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feima+[使用道具]
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我刚做古菌PCR,请问古菌引物21F/958R好P么?你们用的PCR程序是什么?我做了几遍,条带都没有,特向求教,其他朋友也可以帮忙回答,谢谢大家
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