小中大反着看 还真不习惯。
你的每个模板应该都是不同品种的玉兰吧。那几个没有模板的品种是不是你在准备pcr的时候弄错了，比如在提取dna 的时候。我觉得你应该给每个模板准备positive control (阳性对照？） 来确定在你的pcr上有DNA。比如说actin。
左低右高的问题 应该是因为你在做电泳的时候，那个胶没有放平整，所以电泳时电压分布不平均， 相当于右边的模板比左边的跑了更久。不过有时电泳也会自己出现这样的情况。可能是你说的电泳槽的硬伤吧。
亮度问题。是数量的关系。你的issr 数量越多，亮度就会越高。可能在玉兰的基因组里有重复出现相同的重复序列组合（这是 个人猜想）。
条带是楔形还是矩形，好像是正常现象。（硬要说些什么的话，应该是胶没有分布均匀）
个人觉得你应该可以根据不同的issr分布模式 来模拟玉兰品种之间的遗传距离了。模式相同的，遗传距离更近。
希望这些对你有帮助，如果说错了的话 也希望大家帮忙改正。
