【求助】引物结合位点和目的片段之间要不要相隔一段...

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标题:【求助】引物结合位点和目的片段之间要不要相隔一段...

queen[使用道具]
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发表于 2014-10-29 14:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大

本人在做引物设计，想问下一个问题，比如上游引物结合位点和目的片段之间要不要间隔一定距离，测序返回结果序列往往在最开始和最后段的波峰是不稳定的，那么一般要间隔多少个碱基呢？

junhun[使用道具]
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发表于 2014-10-29 14:49 资料个人空间短消息加为好友

小中大

基本不需要吧只要不是直接测序就没事比如你做TA克隆并且用通用引物测序，一般片段前后会有100bp左右的载体序列所以一般不用太担心

idea2011[使用道具]
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发表于 2014-10-29 14:55 资料个人空间短消息加为好友

小中大

100-200bp

baidukk[使用道具]
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发表于 2014-10-29 14:56 资料个人空间短消息加为好友

小中大

一般现在一次单向测序的技术可以测到600多那样，起头和结尾的峰图会有些乱，但这个没有绝对的，有时中间的某些位置也会乱，如碰到了SSR等结构时其后的峰可能会乱，因此序列可不可信主要看测序峰图，质量高的图反映的序列可信度较高，可以在这些序列内设计引物。如果你设计的的序列所对应的峰图很乱（峰低，有套峰）等。这个位置的序列就不可信了，设计的引物很可能扩不出来产物。

xue258[使用道具]
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发表于 2014-10-29 14:57 资料个人空间短消息加为好友

小中大

如果做克隆，没有问题；如PCR产物直接测序，自引物开始会有50bp左右看不到，所以，至少100bp合适。