小中大(四)电泳
1.电泳装置:
电泳装置主要有电泳仪,电泳槽及灌胶模具等.
2.电泳方法:
(1)用蒸馏水将电泳槽和梳子冲洗干净.放在水平桌面上,并架好梳子.
(2)根据核酸分子量的大小配制不同浓度的琼脂糖凝胶,一般200~400bp的DNA片段, 可配制1.2~1.7%浓度的琼脂糖用于电泳.
3.配制0.5XTbE电泳缓冲液100ml于三角烧瓶中,称取一定量的琼脂糖粉放入后沸水锅 或微波炉内加热熔化.冷却至60℃(需要时可加入溴乙锭),倒入电泳槽中,待凝固.
4.向电泳槽中倒入0.5XTbE,其量以没过胶面2mm为宜,小心移去梳子.如样品孔内有 气泡,应设法除去.
5.在DNA样品中加入0.2体积的载样缓冲液,混匀后,加入样品孔内.
6.接通电源,一般红色为正极黑色为负极,切记DNA样品由负极往正极泳动(靠近加样 孔的一端为负).电压为1-5V/cm(长度以两个电极之间的距离计算).
7.根据指示剂泳动的位置,判断是否终止电泳.一般200~400bp的pCR产物50V电压, 电泳20~40min即可.
(3)溴化乙锭染色后,紫外仪上观察电泳带及其位置,并与核酸分子量标准比较被扩 增产物的大小.
二、聚丙烯酰胺凝胶电泳
聚丙烯酰胺凝胶电泳适宜分离鉴定低分子量蛋白质、小于1Kb的DNA片段和DNA序列分 析.其装载的样品量大,回收DNA纯度高.长度仅相差0.2%(即500bp中的1bp)的核苷酸 分子即能分离.
聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体,在催化剂TEMED(N,N,N,N'一四甲基乙二胺)和 过硫酸铵的作用下,丙烯酰胺聚合形成长链,聚丙烯酰胺链在交联剂,N,N'一亚甲 双丙烯酰胺参与下,聚丙烯胺链与链之间交叉联接而形成凝胶.
聚丙烯酰胺凝胶孔径的大小是由丙烯酰胺的浓度决定的,不同浓度丙烯酰胺和DNA的 有效分离范围见表2.
丙烯酰胺(%) 有效分离范围(bp) 溴酚兰* 二甲苯青*
3.5 100~2000 100 460
5.0 80~500 65 260
8.0 60~400 45 160
12.0 40~200 30 70
15.0 25~150 15 60
20.0 10~100 12 45
*表中给出的数字为与指示剂迁移率相等的双链DNA分子所含碱基对数目(bp).
(一)材料
1.电泳仪器:电泳仪,垂直电泳槽及其附件.
2.30%丙烯酰胺
丙烯酰胺,29克
N,N'一亚甲基双丙烯酰胺,1克
H2O,加至100ml
装于棕色瓶内,4℃可保存二个月.
3.10%过硫酸铵
过硫酰铵,1克
加水至,10ml
4℃可保存一周,-20℃可保存一个月.
4.1XTbE电泳缓冲液
5.TEMED(四甲基乙烯基二胺)
(二)聚丙烯酰胺凝胶的制备与电泳
根据分离DNA片段的大小及需凝胶的容积,配制聚丙烯酰胺凝胶.
1.按要求装配好垂直电泳板,两块玻璃板的两侧及底部用1%的琼脂 糖封边,防止封闭不严而使聚丙烯酰胺液漏出.
2.将装好的玻璃电泳板倾斜成45~60℃角.
3.按表3配制所需%浓度凝胶的毫升数.
4.加入TEMED后,立即混匀,缓缓倒入两玻璃板间的胶床中,直到液 体接近溢出时为止.
5.立即插入适当的梳子,密切注意防止梳齿下产生气泡,用一有力 的夹将梳子夹在一边的玻璃板上,然后将玻璃板斜靠在物体上,使 成10°角,可减少液体泄漏的机会.
6.室温聚合一小时后,将玻璃板插入电泳槽中,上紧,倒入0.1XTbE 缓冲液.
7.小心取出梳子,立即用缓冲液冲洗加样孔,因为梳子取出后,梳 子上吸附的及凝胶顶部未聚合的丙烯酰胺会流入加样孔内聚合,产 生不规则的表面,将导致以后DNA电泳带型不规则.
8.将DNA样品与适量的载样缓冲液混匀后,加到样品孔内,加样时不 要产生气泡.
9.接好电极,电压为1-8V/cm,进行电泳.
10.根据指示剂迁移位置来判定是否终止电泳.
11.电泳毕,切断电源,弃去电泳仪,取出胶床板,小心移去一块玻 璃板,让凝胶吸附在另一块玻璃板上.浸入含0.5ug/ml的溴化乙锭溶 液中,15~30min后取出水洗紫外仪下观察结果.
12.聚丙烯酰胺凝胶电泳只能检出>10ng以上量的DNA条带.要求更高 的灵敏度,可用银染.