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标题:【求助】系统发育树里，为何自己测序的序列都聚成一簇

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发表于 2014-11-29 14:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】系统发育树里，为何自己测序的序列都聚成一簇

细菌16S基因建树后，我的几个序列都聚在发育树的最下面（BH001-7……BH001-8……）；
而他们在NCBI上比对后都是能鉴定到变形菌门的种属，如BQ004-4-4是梭菌纲(Clostridia)，BH001-7为γ-变形菌纲 假单胞菌目 冷杆菌属，其他也是γ-变形菌纲；

有人说，因为序列方向反了所致。但是我把序列3'-5'转向后，还是这样；换成互补序列，遗传序列的距离更远，都建不成树了。

我应该怎么解释呢，这几个序列都是我所研究的细菌群落里的优势种呢！需重点解释的！


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发表于 2014-11-29 14:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
系统发育树的构建可以用于种间分析吗?系统学分类描述了不同生物之间的相关关系,通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到,人们只能通过相...
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发表于 2014-11-29 14:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 xiaoxiaoniao 于 2014-11-29 14:48 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
系统发育树的构建可以用于种间分析吗?系统学分类描述了不同生物之间的相关关系,通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到,人们只能通过相... ...

系统发育树的构建可以用于种间分析。
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mingming0638[使用道具]
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发表于 2014-11-29 14:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主为什么建16S的树不加根序列呢？下边的几个序列比对后都没有找到相近的参比序列吗？
我的建议是加上根序列和参比序列重新建一遍。
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niangao1980[使用道具]
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发表于 2014-11-29 14:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

能不能推荐个基础的系统发育树构建模型看看？
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发表于 2014-11-29 14:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
不好意思，这个问题已有人解决，不知为何没有显示了。
1 把有问题的那几个序列，反向并且互补一下，得到互补链5“-3”序列。
2 重新建树
3 这样就好了
这是测序时，有的正向测，有的反向测导致的。
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 小中大


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原帖由 niangao1980 于 2014-11-29 14:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

能不能推荐个基础的系统发育树构建模型看看？

您说的构建模型是指？
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 小中大


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原帖由 mingming0638 于 2014-11-29 14:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主为什么建16S的树不加根序列呢？下边的几个序列比对后都没有找到相近的参比序列吗？
我的建议是加上根序列和参比序列重新建一遍。

您是说外围群 对吗，嘿嘿。你们一般怎么选择外围群呢？
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发表于 2014-11-29 14:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好，我现在在学习建树，向你请教几个问题：1、怎么选取外类群；2、如图，自己的序列聚成一簇，而且跟其他序列相隔很远，应该怎么办？我把他们反向过，但结果也跟这个差不多，现在特别苦恼。


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mingming0638[使用道具]
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 小中大


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原帖由 PCR 于 2014-11-29 14:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

您是说外围群 对吗，嘿嘿。你们一般怎么选择外围群呢？

细菌的16S进化树一般选择AF418113作为根序列，古菌的选择M83548。有的文献也可能选择别的一些参比序列作为根序列。
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