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标题:【求助】怎样消除引物二聚体?

jebel[使用道具]
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【求助】怎样消除引物二聚体?

我的引物是75bp的长引物,pcr的时候总是出现很亮的引物二聚体,比目的条带还亮。我试用过把引物煮沸5分钟迅速冷冻再加样的方法,发现没什么区别,还是很亮。是不是长引物就很难消除引物二聚体啊。求教~~~~
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redbutterfly[使用道具]
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你PCR加样是在冰上加的吗?低温可以防止出现引物二聚体的,在PCR时等到机子运行了,升到95摄氏度的时候再把样品加到PCR仪里,那样也能降低引物二聚体的形成
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jebel[使用道具]
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回复 #2 redbutterfly 的帖子

嗯,我是在冰上做的,而且引物我还煮沸过,都没什么效果,我的引物配对的部分都是一样的,只是5‘端加的50bp碱基不一样。我的irp1引物是P1:atggataacttgcgcttctcttctgcgccgacagcagattccattgatgcAATTAACCCTCACTAAAGGGCG     
P2:gcaaaataccgcgagacgggcttccggcccggaaaataccgtatgttgcgTAATACGACTCACTATAGGGCTC   
我的参数是:98度30s-[98度10s-58度30s-72度90s]×30-72度10min
irp2引物是
P1:tcaggaggaagaatgatttctggcgcaccatctcaggattcgctgttaccAATTAACCCTCACTAAAGGGCG
P2:ttttctcgcgccgtgcggcaggctgatccagcgaaaccggaacgtaaaccTAATACGACTCACTATAGGGCTC
参数:94度5min-[94度1min-60度1min-72度90s]×30-72度10min
irp1能够P出来,但有很亮的引物二聚体,irp2就是不灵敏,有时P出来,有时P不出来,试过好几个Tm
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redbutterfly[使用道具]
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你直接用2步法可以吗?95度--68度,退火和延伸一步完成?
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ha111[使用道具]
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可能是引物太容易配对了,不行就换对引物吧
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jebel[使用道具]
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回复 #5 ha111 的帖子

之前师姐做的时候已经换过了,这次的就是这个不给换,用这个引物的话就是有时候能做出来有时候不能做出来
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jebel[使用道具]
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回复 #5 ha111 的帖子

还没有做过2步法的,怕引物太长有影响。我用的是takala的高保真酶P的。就是有时有结果有时没有
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birdfish[使用道具]
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你出错的原因还是在引物上,太长的引物是会出现这种情况的。为什么不设计短引物?引物在17-50bp范围都扩增的出来的。你这里这么长,难道是修复的点靠近3'端?这样的话也不要紧啊。你可以设计2对引物扩增100bp的大小带下来就好。
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jebel[使用道具]
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回复 #8 birdfish 的帖子

因为我做的是同源重组,用的是加了同源臂的50bp引物,这样PCR后的产物就直接是我要的重组片段。我看了相关资料资料,你说的方法是之前做同源重组常用的,但很复杂,麻烦。我用的这方法是试剂盒提供的新方法,并有人做成功的。
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3648755[使用道具]
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楼上说的挺全的,另外还可以考虑用热启动酶,如有更多问题,请联系我们,我们将为您提供更多更全面的技术支持。

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