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标题:【求助】帮忙分析下PCR结果吧!

小荷尖尖[使用道具]
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PCR 反应程序: 94 ℃× 5min
                    94 ℃× 1min -- 56 ℃×3 min--72℃× 3 min, n = 35 ...

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看了,你的反应条件,我总是觉得有点震撼,56度退火3min,时间也太长了吧,足够退火10wbp的片段了(当然,没人扩增这么长的片段)。我算路过,帮你优化一下反应条件吧:95度 5min(不是高CG基因组的话足够,对于普通酶,HOtstart的酶除外),94度 30s,63-58降落,72度1min(10循环每循环降0.5),然后94度30s,58度30s,72度1min(27个循环),加尾巴7min就够了。。。。要是还扩不出来,去检测模版,要不就重设引物,反正条件应该ok的
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toy[使用道具]
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我们最近做出来的也和你的类似,但是我们做的是大肠杆菌的mRNA逆转录成cDNA,引物是RAB12,大概是350个bp,我们做了梯度PCR,和PCR的产物作为模板,做不成来,继续进行了梯度,但结果还是和你的很像,如果知道原因请告诉我一声,谢谢
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小螺号[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 小荷尖尖 于 2015-1-14 17:09 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
PCR 反应程序: 94 ℃× 5min
                    94 ℃× 1min -- 56 ℃×3 min--72℃× 3 min, n = 35 ...

================================================================================================= ...

您好,“94度 30s,63-58降落,72度1min(10循环每循环降0.5) ”这句话 是什么意思,请指教!谢谢!
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vera+[使用道具]
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菌落PCR关键是注意菌要少加,菌体对PCR有抑制作用。 不要贪多哦,亲
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小螺号[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 vera+ 于 2015-1-14 17:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

菌落PCR关键是注意菌要少加,菌体对PCR有抑制作用。 不要贪多哦,亲

我用沸水煮沸了15分钟,加了2微升,这个量多吗?
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youreyes[使用道具]
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引物太多了吧,加0.5微升试试。
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小螺号[使用道具]
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引物太多了吧,加0.5微升试试。

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我加0.5试了,也是那样
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uaubc[使用道具]
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不是常规PCR体系和程序,前段时间使用TAKARA的高保真酶也是类似的方式,三步法的PCR程序,可惜没有扩增出我想要的条带,换用ROCHE的高保真PCR体系和常规程序结果很理想。
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7437654[使用道具]
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引物设计肯定有问题
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tangxin_80[使用道具]
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菌落加太多的话上样孔里会很亮。56度退火时间太久了吧?一般是30S就够了啊。目的带是1.5kb的话延伸2分钟就够了
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