PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】关于realtime-PCR数据分析

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 14  1/2 12››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【求助】关于realtime-PCR数据分析

00无名指00[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76070
精华 0
积分 493
帖子 666
信誉分 100
可用分 4151
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
1

发表于 2015-2-15 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】关于realtime-PCR数据分析

假设样品a和样品b中比较某个基因的表达差异
realtimepcr之后得出如下的数据
样品a 的目的基因的ct值 三个复孔
样品a 的内参基因的ct值 三个复孔
样品b的目的基因的ct值 三个复孔
样品b 的内参基因的ct值 三个复孔

然后怎么分析样品a和b中的这个基因的表达有统计学差异？？
顶部
zwsyrt[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79787
精华 0
积分 594
帖子 867
信誉分 100
可用分 5136
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-15
状态 离线
2

发表于 2015-2-15 17:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
先求出这4个值的平均值分别为A,B,C,D的话，然后用A-B,C-D，结果假设为E，F，在用E-F，假设=G的话，就看看2的负G次方大小了，如果等于0那么就一样，等于几就说明样品a是样品b的几倍
顶部
xingyi08[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76899
精华 0
积分 496
帖子 671
信誉分 100
可用分 4201
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-10
状态 离线
3

发表于 2015-2-15 17:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用的是什么公司的定量PCR仪呢？
仪器配套的软件应该都有这个计算的功能的。
顶部
nut6694[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74107
精华 1
积分 464
帖子 583
信誉分 102
可用分 3723
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-5
状态 离线
4

发表于 2015-2-15 17:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

realtime 做前要做标曲吗。已知量的DNA怎么获得呢
顶部
00无名指00[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76070
精华 0
积分 493
帖子 666
信誉分 100
可用分 4151
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
5

发表于 2015-2-15 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
一般来说是用2-ddct计算差异的倍数

但是不知道怎么用统计学方法分析实验误差？

用t检验还是别的方法？具体怎么算呢？
顶部
00无名指00[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76070
精华 0
积分 493
帖子 666
信誉分 100
可用分 4151
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
6

发表于 2015-2-15 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
abi7500
软件能分析出ct值 ct标准差 dct标准差  还能用2-ddct算出差异倍数
不过2-ddct后就没有标准差了  可以设95%的置信区间  标记在柱形图的误差线上
不知道具体应该怎么分析才能说明两组样品中测得的数值有统计学差异
顶部
00无名指00[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76070
精华 0
积分 493
帖子 666
信誉分 100
可用分 4151
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
7

发表于 2015-2-15 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相对定量也可以做标曲 为了看扩增效率和线性范围   可以对2-ddct算法进行校正。
顶部
zhenxin[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76024
精华 0
积分 748
帖子 1216
信誉分 100
可用分 6848
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-31
状态 离线
8

发表于 2015-2-15 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相对定量是指？作标曲的cDNA有什么要求吗？有没有法可以像定量 RNA  260/280 那样定量DNA 呢？
顶部
wanglaoshi[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 77295
精华 0
积分 449
帖子 597
信誉分 100
可用分 3796
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-15
状态 离线
9

发表于 2015-2-15 17:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
像罗氏的软件其数据的SD值是默认不显示的，没有用过ABI的，你可以看一下能否从软件设置中显示出来，一般有计算出比值均值这些数据来都会有SD值的。
如果没有的话，就用软件算，推荐用Graphpad、还有显著性差异的可以用国产的DPS软件，SPSS也可以，
顶部
2541[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75124
精华 0
积分 742
帖子 1144
信誉分 100
可用分 6580
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-19
状态 离线
10

发表于 2015-2-15 17:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

哎 ，要是真要统计学的差异，就F test， 方差么，要么T test ，3个样本够了， 只用目的基因的Ct数值
顶部
 14  1/2 12››