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标题:【求助】菌落PCR求解释~~

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发表于 2015-2-16 14:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】菌落PCR求解释~~

同一个目的片段（1800bp左右）菌落pcr后显示结果如上
A1~A4、B2五个泳道正常，
B4泳道没有目的条带，
B1和B3泳道条带大小怎么解释。。。


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2015-2-16 14:34
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发表于 2015-2-16 14:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

B3还可以用胶不均匀来解释，可是B1就说不过去呀，而且仔细看貌似有几个还不止一条带，那只有是引物特异性不强，不同菌株进化距离或突变咯。另一点，如此多引物二聚体得改善一下PCR反应体系以及退火温度！
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发表于 2015-2-16 14:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

菌落鉴定，出现这种情况很常见啊，跟载体，片段都有关呢~~
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发表于 2015-2-16 14:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

菌落抗性平板再划线一次，等长出来再PCR一次~~注意配胶。
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发表于 2015-2-16 14:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
菌落PCR不需要解释，本来就是初筛，里面会有基因组的干扰，会有细胞量对pcr的抑制，会有取量多了对体系离子的干扰，不要过分相信菌落pcr，
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发表于 2015-2-16 14:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
菌落PCR的检测存在一定的不准确性，建议楼主还是进行在一步的酶切检测或者测序以进一步确定结果！
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发表于 2015-2-16 14:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

建议你重新P一次 如果出现同样结果 P不出来的 重新设计引物 或者把菌种送去测序 片段小的 有肯能是菌种突变造成的  片段大的 可以调整PCR条件先 然后再考虑是否需要重新设计引物
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发表于 2015-2-16 14:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这种情况在菌落PCR中很常见。尽管是用胶回收产物连接载体，再做菌落PCR检测时，还是会发现有引物非特异结合带的。一般只选取片段大小正确的克隆送测序就可以了。
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发表于 2015-2-16 14:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

lz不要纠结了。菌落pcr能p出正确条带就已经不错了。菌落pcr假阳性是非常常见的，更何况是出现大小不对的条带？生物实验是有很多现象不能解释的，继续做，做一些有说服力的验证实验就好了
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minran_1980[使用道具]
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 小中大
酶切鉴定吧
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