解读ESI电喷雾质谱
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电喷雾谱图读谱秘诀及其FAQ
读谱秘诀
在谱图里我寻找什么峰？
1) 寻找谱图中在200 u以上的最高的峰。因为低质量端往往混淆了大量的溶剂噪音。然后寻找那些大约在质量2倍或一半的峰。这样可以迅速地告诉你是否存在多电荷，可以帮助你确定分子量。
2) 计数信号强度 要知道谱图中强度为1.0×106 是可靠的，而1.0×104不可靠
3) 谱图质量非常重要。若解析低质量的谱图，你会浪费大量宝贵的时间。如果你对谱图质量不满意，试着平均几张或更多的低质量的谱图（averaging），去获得一个更高质量的“平均后的质谱图”。把这张平均后的质谱图和背景比较，看看是否突出了样品峰。
4) 重现性很重要。谱峰必须是一致的才能被考虑为相关的峰。你不应该使人相信所谓的“一次性扫描奇观”
5) 当仅有一个明显的峰（即无多电荷高斯分布）时来确定电荷态。
一个分子除了加H＋，还会加合其它的离子。寻找加Na＋或加NH4＋的峰。这些加合离子常给你峰的电荷态的线索。例如，如果在谱图中仅有一个主离子，寻找随之出现的加Na＋峰。如果带单电荷，那么M＋Na＋峰比M＋H＋峰多22 u；如果是双电荷，则多11 u
同位素
如果你使用的质谱有足够的分辨率，那么看看同位素峰，单电荷离子的同位素峰之间差1 u；双电荷离子的同位素峰之间差0.5 u；三电荷差0.33 u等等。这是另一种推断电荷态和分子量的方式。
Frequently Asked Questions常见问题和解答
问：我如何知道一个峰是真实的？
答：哇，这是一个问题。所有的峰都是真实的。在一个LC/MS实验中，我们寻找那些在多个相邻的扫描（但不是每个扫描）中重现的峰，如果每次扫描该峰都出现，它可能是背景峰。它可能是仅发生在一次或零星扫描中的系统的噪音或毛刺，很可能是电学或其它形式的系统噪音。
问：我如何确信鉴定了一个峰？
答：哦，质量只是质量，许多化合物有同样的质量，因此你不能仅从质量来确认一个化合物。在过去，我们可以酶解一个蛋白，进行一个LC/MS 肽质量指纹图谱实验，去匹配那些理论的肽质量碎片。今天，鉴定蛋白的规则更严格，我们进一步用MS/MS产生的CID谱，去匹配理论的肽的CID碎片。这样给我们一个阳性的鉴定结果（positive ID）。在LC/MS实验中另一个被忽略的因素是那个使LC/MS联用如此强大的原因之一，即质量和LC保留时间的关联。如果一个分子的特有保留时间以前被表征过，这条信息也能被和质量信息关联起来获得阳性的鉴定结果。
如果你正在表征一个新的分子，试着修饰这个分子，看看是否能改变其质量。
如果是未知蛋白，试着酶解它。如果这是一个小分子，试着化学修饰它，看看在质量鉴定中它是否产生你预测的质量变化。
问： 我如何区分某质量是化合物的分子量，还是质量的两倍（双聚体）？如：一个化合物分子量是1000，则会在m/z 1001和501出现峰；另一个化合物分子量是2000，会在m/z 2001、1001、666.7、和501出峰。而若分子量为1000的化合物会形成双聚体，那么在电喷雾过程中区分它们会更复杂。
答：
1）峰的包络线（envelope）不会跳过峰，比如：分子量为2000的化合物，即使它在2001处信号不高，但在1001和501之间一定会有666.7的峰。
2）同样的，试图从加合物或同位素峰中确定离子的电荷态，这些信息告诉你化合物的质量究竟是多少。
3）一些分析中，二聚体的形成是一个很大的问题。这时，试着减少分析物的浓度，高浓度时经常会在谱图中出现二聚体。而所有的二聚体，均可以通过改变质谱的某些设置而减少。
4）在对较大分子（＋10 kDa）的峰画包络线时，寻找平滑的峰分布。峰的分布应该有一个平滑的钟形曲线，有时，向右边稍稍拖尾。峰与峰之间的关系应该是可被预测的，如果我们观察到一个峰强度模式在改变，这可能是共流出的二聚体。
问：我相信我正在观察的人工的（artifactual）碎片，不知道哪个峰是真实的。
答：再一次声明，所有的峰都是真实的。有时在第一个质量过滤器之前可能引起碎裂（如源内CID，源CID）。然而，表征这种效应应该是有价值的，因为对那些单级四极杆质谱的处理来说，当分析目标不是碎片时，这些诸如源内CID的碎片会干扰人们的注意力。大部分人的建议是，试着减慢离子的速度，直到在源内残留的空气中，它们不会产生碰撞和碎裂。
