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标题:【求助】求助分析DGGE图像不清楚问题

xiaoxiaoniao[使用道具]
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发表于 2015-3-10 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】求助分析DGGE图像不清楚问题

本人主要做污水处理过程当中的微生物群落结构的研究，跑完带GC的pcr后进行 DGGE，结果出来的图是这样的，很是郁闷不知道是什么原因。哪位达人帮忙给指导一下啊。我的PCR跑的是嵌套的，先跑的1492r的，后来跑的带GC的，然后做DGGE，胶浓度时35%到55%，最右边的条带是marker。做的是不同污水处理工艺过程当中的微生物。小弟学的是环境，现在做分子生物，是一点都不懂啊。望指教。
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33号[使用道具]
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发表于 2015-3-10 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

怎么没高人帮一下呢？我也遇到了相同的问题，条带分不清楚。条件和楼主是一样的，只是我的变性剂深度是30-60%。
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33号[使用道具]
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发表于 2015-3-10 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这是我的图片，哪位高手快帮帮忙吧


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发表于 2015-3-10 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你需要如何分析啊？
这里很亮的条带应该是说这种菌的存在的量比较大；然后就是看各个泳道的条带的差异性，这基本上反应了对应样品的微生物的差异。
这是我的浅见，希望对你有所帮助！
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发表于 2015-3-10 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

看来用这个Primer特异性太低了,除了用软件,人眼或者用excel都是很难处理的. 建议使用Bionumerics的产品,有专业分析这个的工具.
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star#room[使用道具]
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发表于 2015-3-10 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这种图是电泳时候的电压太高了吧，一般的文献上说是150-180V跑5个小时,可实际上这个电压分开的条带很不明确，经常糊在一起，你试试电压调低一些，时间跑长一些，这样会好很多
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发表于 2015-3-10 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我个人认为是你电压调的太高，时间太短，DNA没来得及停滞就跑下去了，所以不清楚，你可以减小电压，增加时间试试
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idea2011[使用道具]
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发表于 2015-3-10 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主不负责任啊！能不能说说你的电泳条件，大家也好帮你分析！
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发表于 2015-3-10 16:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这种图是电泳时候的电压太高了吧，一般的文献上说是150-180V跑5个小时,可实际上这个电压分开的条带很不明确 ...

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啊，我们就用的6个小时，150V，不知道结果与16小时的差异大不大。大家图方便，都用6个小时了。
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