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标题:【求助】用过Primer3 在线引物设计的进来帮我看下

free[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】用过Primer3 在线引物设计的进来帮我看下

本人用Primer3 在线引物设计网站，设计出如下引物：
                               start len      tm     gc%   any    3' seq

    LEFT PRIMER      11253   20   60.00   45.00  4.00  2.00   

            actgcccatgcacacaaata

   RIGHT PRIMER     11524   20   60.10   50.00  4.00  0.00           

              tactgtggctccccaaaaag
   现在，本人有个笨笨的疑问：这是不是一对引物，上引物是LEFT PRIMER吗？下引物是RIGHT PRIMER 吗？如果要引物合成，填写合成单的话，应该怎么写，下引物要怎么写？能不能帮我写出来，最好上下引物是从5端写到3端？谢谢！
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小葵[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
将RIGHT PRIMER跟你的的序列一比，就可以恍然大悟了
primer3已经转换好了，两条都是5→3，直接送去合成即可
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xingyi08[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

晚上加餐最容易长胖，你的蛋白自己留吧！
人家标的狠清楚了呀，再不明白你把引物和原来序列对一下不就清楚了吗，为什么一再问而问呢？
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发表于 2015-3-10 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对于两个引物配套使用你可以不用管上下游关系的。引物合成时，把你的两个引物直接copy过去就可以了，因为在线设计中copy下来的引物都已经自动的排为从5端到3端。
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gmjghh[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
往往有经验的人所谓之common sense,
总是对初学者感到困惑,
但只要有人一点就通了
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zhenxin[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

left、right对应的就是上下游引物
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kulee[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你管它是左还是右引物的，PCR时体系不会自己分辨的，只要引物合适，不分左右，肯定能扩出来。楼上说的对，去blast一下不就可以了。
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发表于 2015-3-10 17:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问是不是primer3.0在线生成的引物都可以使用呢？any和3‘sequence的参数值有影响吗？谢谢哦~~有没有什么参数判定生成的该引物好不好呢？像primer5.0有相应的打分，不知primer3.0有没有呢？菜鸟问的菜鸟级问题，还望解答哦，嘿嘿，非常感谢~~
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chuntian1983[使用道具]
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发表于 2015-3-10 17:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
貌似primer3.0也有那个rating打分的吧
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