小中大我跟你一样是跑这种变性胶的（不过不是AFLP,是SSR，实验室其他人有在做），跑了快两年了。
从你marker的条带看，你的染色和显影没有问题，问题应该出在PCR上，但是具体是哪一步我太清楚。（我没做过AFLP，我可以帮你问下实验室其他做AFLP的人，问了再回复你）。
另外，感觉你跑电泳的时候功率是不是太大了，你所有看得清的条带都很弯，这样不好读带。
“我看网上很多说银染好坏跟温度有关，我实验室没有空调，都是室温银染的，不知道有没有影响！）”银染跟温度有关吗？从没听说过。有没有空调都一样吧，我们都是室温染色，然后室温显影。（冬天夏天一样，我在广州）如果想要显影的时候快点，可以把显影液65度水浴，水浴后会快很多。
