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标题:【求助】PCR跑胶条带为什么这个样子

dog002[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】PCR跑胶条带为什么这个样子

那位大神，能帮助分析一下图上所显示的片状条带怎么回事？
我有以下推断，不知正确，忘大神们给予分析
1 我的体系中加入了BSA,浓度为0.4mg/ml。（可是所有的基因均采用统一体系，和统一反应程序，图上所示每两条带为同一基因）
2 模板不纯，含有杂蛋白（可是 同上 模板都是一样的）
3 程序采用 touch downpcr,实际不同基因的扩增循环不同
4 片状条带都是由点样孔开始的，分析是由于点样孔堵塞造成，还是蛋白的问题，即推断1,2
不知哪位大神也同样遇到这类情况，最后怎么分析的，望赐教。谢谢


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2015-4-1 16:08
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langlang[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
是不是有降解啊，在点样孔处的可能是残留的一些其他物质
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
PCR结束后，直接进行的跑胶。不该存在降解问题.
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moonlight45[使用道具]
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 小中大
模板质量太差劲了，不只是蛋白，还有那些粘质的多糖太多了。。。。
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 moonlight45 于 2015-4-1 16:09 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
模板质量太差劲了，不只是蛋白，还有那些粘质的多糖太多了。。。。

感觉你的意见提的很好，我是在植物中提的基因组，应该会有大量的多糖物质。敢问如何去除粘质多糖呢，以前没有遇到过
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发表于 2015-4-1 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你的BSA浓度太高了吧？不该是0.1mg/ml的吗？不才之问……
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 H2O 于 2015-4-1 16:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
你的BSA浓度太高了吧？不该是0.1mg/ml的吗？不才之问……

0.4的浓度是参考文献得来的，我也怀疑过，但不明白为什么同体系条件，只是扩增片段不同，就存在这种差异。今天重新做了一下不含BSA体系的PCR，发现这种情况明显的减轻。谢谢您的建议
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发表于 2015-4-1 16:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
感觉你的意见提的很好，我是在植物中提的基因组，应该会有大量的多糖物质。敢问如何去除粘质多糖呢，以前 ...

===============================================================================================================

买个胶纯化，我当时不想买，但是多糖含量高，对PCR影响太大了，后来买了一个，纯化了一下，再也没有出现这种问题，所以我就批量的做做做做。。。。
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-4-1 16:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
问题已经完美的解决了，确实是BSA的问题，文献报道的偏大，我在体系中不加入bsa，扩增的条带没有什么变化，就不加BSA了。而且我还发现出现这种现象其实是BSA和扩增循环数过多，两方面共同作用的结果。谢谢各位给我提供的宝贵意见！再次致以我最崇高的谢意
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发表于 2015-4-1 16:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

退火温度不合适，或者其他的PCR条件不合适，摸体系和程序。当然模板也是原因之一。
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