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标题:【分享帖】我认为最好的在线引物设计软件

jude[使用道具]
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给大家提供一些设计引物注意事项,这是有经验的教授告诉我的,他们用眼睛就能看出来:
1.引物必须位于起始密码子与终止密码子之间,即CDS之间
Start coding: AUG ( atg )
Stop coding: UAA、UAG、UGA ( taa tag tga )
2.要使目标序列与内参在同一胶中电泳 则扩增片断长度要差开。且Tm要互相接近
3.引物终止于G或C比较好。
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remonte[使用道具]
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1 cctccgaaac catgaacttt ctgctctctt gggtgcactg gaccctggct ttactgctgt
61 acctccacca tgccaagtgg tgaagttcat ggacgtctac cagcgcagct attgccgtcc
121 aattgagacc ctggtggaca tcttccagga gtaccccgat gagatagagt atatcttcaa
181 gccgtcctgt gtgcccctaa tgcggtgtgc gggctgctgc aatgatgaag ccctggagtg
241 cgtgcccacg tcggagagca acgtcactat gcagatcatg cggatcaaac ctcaccaaag
301 ccagcacata ggagagatga gcttcctgca gcatagcaga tgtgaatgca gaccaaagaa
361 agatagaaca aagccagaaa atcactgtga gccttgttca gagcggagaa agcatttgtt
421 tgtccaagat ccgcagacgt gtaaatgttc ctgcaaaaac acagactcgc gttgcaaggc
481 gaggcagctt gagttaaacg aacgtacttg cagatgtgac aagccaaggc ggtgagccgg
541 g
版主:你好.以上是我的原文序列,麻烦你帮我设计一下引物好吗,谢谢!
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october7[使用道具]
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楼主你好!我想问一下,这个软件是不是只能设计已知片段的引物?但在许多情况下,我们所扩增的都是未知的片段,所以如果是设计未知片段的引物,有什么比较好的软件吗?谢谢楼主了!
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october7[使用道具]
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相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征

==========================
1 cctccgaaac catgaacttt ctgctctctt gggtgcactg gaccctggct ttactgctgt
61 acctccacca tgccaagtgg tgaagttcat ggacgtctac cagcgcagct attgccgtcc
121 aattgagacc ctggtggaca tcttccagga gtaccccgat gagatagagt atatcttcaa
181 gccgtcctgt gtgcccctaa tgcggtgtgc gggctgctgc aatgatgaag ccctggagtg
241 cgtgcccacg tcggagagca acgtcactat gcagatcatg cggatcaaac ctcaccaaag
301 ccagcacata ggagagatga gcttcctgca gcatagcaga tgtgaatgca gaccaaagaa
361 agatagaaca aagccagaaa atcactgtga gccttgttca gagcggagaa agcatttgtt
421 tgtccaagat ccgcagacgt gtaaatgttc ctgcaaaaac acagactcgc gttgcaaggc
481 gaggcagctt gagttaaacg aacgtacttg cagatgtgac aagccaaggc ggtgagccgg
541 g
版主:你好.以上是我的原文序列,麻烦你帮我设计一下引物好吗,谢谢!
我根据楼主的说明,把Tm值的范围改成了35-75,引物长度改为18-25,GG含量改为30-70,下面是结果
Primer Pair Data
--------------------------------------------------------------------------------
Primers for 1 (Entered)
These primers are for PCR
Forward-Primer CCTCCGAAACCATGAACTTTCT Reverse-Primer CCCGGCTCACCGCCTTGGCTTGT
Length: 22 Length: 23
Percent GC: 45 Percent GC: 69
Tm: 56 Tm: 72
Self-Anneal: 12 Self-Anneal: 16
End-Anneal: 4 End-Anneal: 8
Offset: 1 Offset: 541
Pair-Anneal: 14
Pair-End-Anneal: 8
Total valid primer pairs: 8
These primers will amplify a fragment of 541 basepairs
The sequence of DNA that will be amplified by these primers is
1 CCTCCGAAAC CATGAACTTT CTGCTCTCTT GGGTGCACTG GACCCTGGCT
51 TTACTGCTGT ACCTCCACCA TGCCAAGTGG TGAAGTTCAT GGACGTCTAC
101 CAGCGCAGCT ATTGCCGTCC AATTGAGACC CTGGTGGACA TCTTCCAGGA
151 GTACCCCGAT GAGATAGAGT ATATCTTCAA GCCGTCCTGT GTGCCCCTAA
201 TGCGGTGTGC GGGCTGCTGC AATGATGAAG CCCTGGAGTG CGTGCCCACG
251 TCGGAGAGCA ACGTCACTAT GCAGATCATG CGGATCAAAC CTCACCAAAG
301 CCAGCACATA GGAGAGATGA GCTTCCTGCA GCATAGCAGA TGTGAATGCA
351 GACCAAAGAA AGATAGAACA AAGCCAGAAA ATCACTGTGA GCCTTGTTCA
401 GAGCGGAGAA AGCATTTGTT TGTCCAAGAT CCGCAGACGT GTAAATGTTC
451 CTGCAAAAAC ACAGACTCGC GTTGCAAGGC GAGGCAGCTT GAGTTAAACG
501 AACGTACTTG CAGATGTGAC AAGCCAAGGC GGTGAGCCGG G
不知道可不可以,请指教!
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笑弯了腰[使用道具]
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谢谢mamamiya楼主! 辛苦了!我用blast检测了一下,还可以.
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1 tgcgttcgcg ggacccacgg gctcgcccca gcctacactc cgactgtttg ccacctcctc
61 ctgcctcctc ccctcccttc cccgccctcc agtacacttg atcactgaag cttcgagctg
121 cgcggccggg gcgtccctgc gcctctctcc ccaagacctg cgcgctcttg cggctcggac
181 ggtcgctcgc ctggctctac tccacttggc cgtctctgtg tgcagtcgca gaacttcgaa
241 gtggggtttg cgctgcggca ggggcgtttc gcttttgttt ggttttgttg tttatttcat
301 ttcatttttt ttttttttcg gagagaggcg aggcggtggt ccacacccgc ccggggagga
361 agatgtcaaa cgtgagagtg tctaacggga gcccgagcct ggagcggatg gacgccagac
421 aaaccgagca ccccaagcct tccgcctgca gaaacctctt cggcccggtc aatcatgaag
481 aactaacccg ggacttggag aagcactgcc gagatatgga agaagcgagc cagcgcaagt
541 ggaatttcga ctttcagaat cataagcccc tggagggcag atacgagtgg caggaggtgg
601 agaggggcag cttgcccgag ttctactaca gacccccgcg cccccccaag agcgcctgca
661 aggtgccggc gcaggagagc ttggatgtca gcgggagccg ccaggcggtg ccttcaattg
721 ggtctcaggc aaactctgag gaccggcatt tggtggacca aatgcctgac tcgtcagaca
781 gtccggctgg gttagcggag cagtgtccag ggatgaggaa gcgacctgcg gcagaagatt
841 cttcttcgca aaacaaaagg gccagcagaa cagaagaaaa tgtttcagac ggttccccga
901 atgctggcac tgtggagcag acgcccaaga agcccggcct tcgacgccag acgtaaacag
961 ctccgaatta agaataattc cttgtttatt agatacatca ctgctttatg aagcaaggaa
1021 gacatacatg aaaaaaa
还得麻烦楼主帮我设计引物,以上是原文序列!
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1 cccaggttcc ggctcctctg ccccgcggct acaaacccca ccgcggagga agttggttga
61 acttgctttc cgctgcgggt acgaaggtat cgtcacaagt agcagcatca tgtcgactgg
121 ggacagtttt gagactcggt ttgaaaaaat cgacaacctg ctgcgggatc ccaaatcgga
181 agtgaattca gattgtttgc tggatggatt ggatgctttg gtttatgatt tggattttcc
241 tgccttaaga aaaaacaaaa atattgacaa ctttctaagc agatataaag acacaataaa
301 taaaattaga gatttacgga tgaaagctga agattatgaa gtagtaaagg taatcggcag
361 aggtgcattt ggagaagttc aattggtaag gcataaatcc accaggaagg tttatgctat
421 gaagcttctc agcaaatttg aaatgattaa gagatctgat tctgcttttt tctgggaaga
481 aagggacatc atggcatttg ccaatagtcc ttgggttgtt cagctttttt atgcattcca
541 agatgaccga tatctctata tggtgatgga gtacatgcct ggtggagacc ttgtaaacct
601 gatgagcaac tacgatgtgc ctgaaaagtg ggcacgattc tatactgcag aagtagttct
661 cgcattggat gcratccatt ccatgggttt tattcataga gatgtgaagc ctgacaacat
721 gctgctggat aagtctggac atttgaagtt agccgacttt ggtacttgta tgaagatgaa
781 taaggaaggt atggtacgat gtgatacagc agttggaaca cctgattata tttcacctga
841 agtattaaaa tcacaaggcg gtgatggcta ttatggacga gagtgtgact ggtggtcagt
901 tggtgtattt ttatatgaaa tgcttgtagg tgatacacct ttttatgcag attctttggt
961 tgggacgtac agtaaaatta tgaaccataa aaattcactt actttccctg atgataatga
1021 catatcaaaa gaggcgaaaa atctcatttg tgccttcctt acggacagag aagtgagatt
1081 gggcagaaat ggtgtagagg aaatcaaacg tcatctcttc ttcaaaaatg atcagtgggc
1141 ttgggaaacg ctccgagaca ctgtagcacc agttgtgcct gatttaagta gtgacattga
1201 tactagtaat tttgatgact tagaagaaga taaaggagat gaagaaacat ttcctattcc
1261 aaaagctttt gttggcaatc agctaccttt tgtaggattt acatattata gcaatcgtag
帮朋友的忙,要我发帖,请楼主帮忙设计一下引物,谢谢!
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LZ你好,我的问题就更麻烦了,我需要的DNA序列只能从已知的蛋白质序列经逆翻译得到,然后还要设计引物,作PCR。有人给我提供了一个软件cuturl('http://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html'),可以直接翻译蛋白质序列,但得到的DNA序列设计引物时总是出错。LZ能帮我一下吗?
这是鸵鸟的一种蛋白质序列:
APGNKAECEREKGYCGFLKCSFPFVVSGKCSRFFFCCKNIW
请帮我翻译一下,再帮忙设计个引物,十分感谢!
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我的情况就比较麻烦了,我做PCR引物设计没有能参考的基因序列,目前有的只是一段蛋白质序列,我需要把蛋白质序列转化成DNA序列然后才能设计引物。请楼主帮帮忙吧,这是一段鸵鸟蛋白质序列:
APGNKAECEREKGYCGFLKCSFPFVVSGKCSRFFFCCKNIW
请务必帮帮忙。谢谢!
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请问上下游引物的Tm值和GC含量相差很多没关系吗
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