小中大AB的SWATH是这样的，一个循环中，首先100ms的MS（400-1200），接下来进行32个100ms的MS/MS，第一个MS/MS的precursor ions是400-425（对Quad进行一种特殊的tune，使其可以选择这一范围的离子送到碰撞室去进行CID），第二个MS/MS的precursor ions是425-450，以此类推，第32个MS/MS的precursor ions是1175-1200，这样一个循环下来总共花费了3300ms，得到了一张MS谱图，以及32张MS/MS谱图。（为了简化描述，这里precursor ions的选择是整数，实际上Reudi做的时候，是有一个0.5Da的偏移）
按照我的理解，Waters的MSE一个扫描循环下来似乎只得到了一张MS谱图和一张MS/MS谱图，这样的话对MS/MS谱图进行解析的话，有些难以将谱图上的碎片峰与其precursor ion进行对应。当然了WATERS对此好像有解释，但我没有仔细看，不知道有没有高手对此了解的比较详细的来给大家解惑。
AB的swath虽然也不是对某个确定的m/z的precursor ion去打二级，但他们将全部的质量范围等分成了32份，至少我们知道第一张谱图的precursor ions来自400-425这个范围。即使这样，在谱图解析的难度上，这与我们常用的DDA,IDA等还是有不小的差距的，因为DDA或者IDA是选择一个确定的m/z去打二级的，每张MS/MS谱图都有一个确定m/z的precursor ion。当然了，SWATH是对全质量范围进行了MS/MS，其结构信息还是更为丰富的，DDA或者IDA只是对TOP 5， 10，20或者甚至到50，100（已经非常困难了）进行了MS/MS。若要以每张谱图都有一个确定m/z的precursor ion的要求来对全质量范围进行MS/MS的话，一个循环中要有800张二级谱图（当然要保证谱图的质量），这对扫描速度是一个极其巨大的挑战。
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讲得太好了，我们假设一个循环是3300ms，而且已经能做800张二级谱图。那SWATH的窗口最小就可开成是1Da（实际工作时由于同位素峰不需开得这么小），基本上一个样品做下来所有看得见看不见的母离子二级信息都全了，那将推动二级谱图采集从data dependent 到data independent的巨大改进。我想这也是楼主对500HZ技术那么感兴趣的的原因。
