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标题:【讨论帖】microRNA内参，u6,u6a,u6b，到底如何选择

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发表于 2015-6-1 16:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MicroRNA（miRNA）是一组在细胞增殖，细胞分化，细胞死亡等细胞过程发挥作用的小非编码RNA。而miRNA基因表达水平的定量检测已经成为研究上述课题，寻找疾病相关的生物标志物的基本方法
miRNA基因表达水平常用的方法是荧光定量PCR，而荧光定量PCR实验中，起始样本量，样本收集，RNA制备和定量，反转录效率的差异都可能导致定量的错误。内源性对照基因是目前纠正初始样本量，RT效率的最准确的方法。
small nuclear RNA (snRNA)和small nucleolar RNA (snoRNA)长度与miRNA相近，200bp左右，在多种组织细胞中高表达，不涉及miRNA的调节途径，且与miRNA探针设计方法相同，所以snoRNA是很好的内参选择。研究证实常用的snoRNA assays包括
Human: U6, RNU48, RNU44, U47, and RNU6B
Mouse: snoRNA-202, snoRNA-234, snoRNA-420
还有一类是在不同实验条件下变化差异很小的miRNA
Human/mouse tissues: miR-152, -186, -25, -92, -26b, -16
Human/mouse cell lines: miR-374, -16, -93, -186, -26b, -92 1
还有一类是传统沿用的
18S rRNA or U6
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发表于 2015-6-1 16:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

您好！我想请问一下，昆虫microRNA做半定量pcr时选择什么作为内参？可以选择U6吗？为什么？那U6的序列怎么获得的？我看到您说u6的rt引物，就是pcr时的反向引物，不需要颈环，是不是通过oligo6.0设计出来的？渴望得到您的解答！谢谢~~
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发表于 2015-6-1 16:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我做血清中的miRNA,用miR-16做内参，效果不好,U6跑的结果也不行，还没有合适的内参选择，不知怎么办了？
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发表于 2015-6-1 16:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我汗死了，用u6做出不错的结果，结果审稿人居然说U6不是合适的内参（神经损伤实验）。这个怎么办啊~
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发表于 2015-6-1 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相关疾病：
头痛
3Q 正在头痛U6引物设计呢 我的miRNA引物是茎环设计的，U6难道不用茎环的？
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发表于 2015-6-1 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 moonlight45 于 2015-6-1 16:03 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
相关疾病：
头痛
3Q 正在头痛U6引物设计呢 我的miRNA引物是茎环设计的，U6难道不用茎环的？

U6并不是一个miRNA,所以没有对其进行进行颈环设计。
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发表于 2015-6-1 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 33号 于 2015-6-1 16:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我汗死了，用u6做出不错的结果，结果审稿人居然说U6不是合适的内参（神经损伤实验）。这个怎么办啊~

自己查找一下 神经损伤实验的miRNA的内参，
1、参考别人文章里的内参，重做实验。
2、找证据证明U6在你这里可以当内参使用。
另外像GAPDH一样，U6并不是万能的内参。
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发表于 2015-6-1 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 join 于 2015-6-1 16:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我做血清中的miRNA,用miR-16做内参，效果不好,U6跑的结果也不行，还没有合适的内参选择，不知怎么办了？

相关疾病：
肝癌
呵呵，血清中不知道是否有U6，可能的确不是好的内参，建议搜下miRNA血清内参，国内多篇肝癌miRNA诊断文章。
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发表于 2015-6-1 16:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 大尾巴 于 2015-6-1 16:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

您好！我想请问一下，昆虫microRNA做半定量pcr时选择什么作为内参？可以选择U6吗？为什么？那U6的序列怎么获得的？我看到您说u6的rt引物，就是pcr时的反向引物，不需要颈环，是不是通过oligo6.0设计出来的？渴望得到您的解答！谢谢~~ ...

只需要找到你们领域的一篇miRNA pcr的文章即知道选用什么内参。
另外，我一般都不做半定量，那个结果不利于发文章。
花同样的时间，仅仅贵一点，我一般都用SYBR。
taq-man太贵，一般也不用。
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发表于 2015-6-1 16:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
自己查找一下 神经损伤实验的miRNA的内参，
1、参考别人文章里的内参，重做实验。
2、找证据证明U6在你这里可以当内参使用。
另外像GAPDH一样，U6并不是万能的内参。
......

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其实大部分的都是用u6作为内参的，少数使用的s12，还有一篇文章提到u6在损伤后改变。。。
刚好通讯作者是我的一个推荐审稿人。结果他在前一篇文章以u6为内参，后一篇通过深度测序发现u6改变。，。。。。
我汗
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