PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【讨论帖】microRNA内参，u6,u6a,u6b，到底如何选择

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 69  4/7 ‹‹1234567››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【讨论帖】microRNA内参，u6,u6a,u6b，到底如何选择

园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
31

发表于 2015-6-1 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 dog002 于 2015-6-1 16:06 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
自己查找一下 神经损伤实验的miRNA的内参，
1、参考别人文章里的内参，重做实验。
2、找证据证明U6在你这里可以当内参使用。
另外像GAPDH一样，U6并不是万能的内参。
......

=========================================== ...

1、呵呵，仔细读他的文章，看u6到底变化多少，扣除这个影响后，你的miRNA变化如何。
2、看你RNA样本是否还在，重做。
3、若都不在，就实话实说，就说你这个实验不可能重做。让他再评估下U6的使用情况。 或者你讨论里面讨论下这个内容，同时引用review的文献。
顶部
xue258[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75643
精华 0
积分 746
帖子 1171
信誉分 100
可用分 6696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-26
状态 离线
32

发表于 2015-6-1 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主，相见恨晚啊，我的U6都用的ABI的效果暂时还不好
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
33

发表于 2015-6-1 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 xue258 于 2015-6-1 16:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主，相见恨晚啊，我的U6都用的ABI的效果暂时还不好

不可能吧，ABI自己的效果都不好？ 那你自己合成岂不是结果一样。
是不是RNA降解了？
顶部
xue258[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75643
精华 0
积分 746
帖子 1171
信誉分 100
可用分 6696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-26
状态 离线
34

发表于 2015-6-1 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

不可能吧，ABI自己的效果都不好？ 那你自己合成岂不是结果一样。
是不是RNA降解了？

我是存放在-80°的应该不会呀，ratio有2.0，还可以,而且做的miRNA的曲线都还挺正常的，倒是U6很不正常，CT值很大？？
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
35

发表于 2015-6-1 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 xue258 于 2015-6-1 16:09 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我是存放在-80°的应该不会呀，ratio有2.0，还可以,而且做的miRNA的曲线都还挺正常的，倒是U6很不正常，CT值很大？？

引物的运输和长期保存都是干粉，按理说同一批中，miRNA的引物都没出问题，u6也不该有事。
1、逆转录的时候是用的u6的反向引物作为特异性逆转录引物吗？
2、有没有第二次换另外时间提取的RNA做，结果如何？
3、你做的什么样本？好像有同学血液样本用U6是检查不出来的。 搜一下文献，看是否你的这个样本，用的是另外的内参。
4、如果一切都正常的话，现在合成PAGE级别的引物很便宜，你合成一对用用试一下吧。
顶部
xue258[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75643
精华 0
积分 746
帖子 1171
信誉分 100
可用分 6696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-26
状态 离线
36

发表于 2015-6-1 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:09 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

引物的运输和长期保存都是干粉，按理说同一批中，miRNA的引物都没出问题，u6也不该有事。
1、逆转录的时候是用的u6的反向引物作为特异性逆转录引物吗？
2、有没有第二次换另外时间提取的RNA做，结果如何？
3、你做的什么样本？好 ...

我用的是RNU6B作为内参的，它的average ct 有的资料给的就是26.6，我一个sample做的是27应该没大问题，很可能是另一个sampleRNA降解了。今天打算重新准备sample看看。
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
37

发表于 2015-6-1 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 xue258 于 2015-6-1 16:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我用的是RNU6B作为内参的，它的average ct 有的资料给的就是26.6，我一个sample做的是27应该没大问题，很可能是另一个sampleRNA降解了。今天打算重新准备sample看看。 ...

很好。祝顺利。
如果他的内参平均为26左右，是不是太低了？
检验再检索下你专业的相关文献，是不是需要换个内参？
见楼上有个神经方面的miRNA内参选u6，reviewer提出问题，说这个u6无法用作神经方面的内参。
顶部
xue258[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75643
精华 0
积分 746
帖子 1171
信誉分 100
可用分 6696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-26
状态 离线
38

发表于 2015-6-1 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:10 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

很好。祝顺利。
如果他的内参平均为26左右，是不是太低了？
检验再检索下你专业的相关文献，是不是需要换个内参？
见楼上有个神经方面的miRNA内参选u6，reviewer提出问题，说这个u6无法用作神经方面的内参。 ...

谢谢哦，等下去看结果。
感觉介绍内参的文章还是很少的，我暂时没找到相关的文献。如果这个内参不能用我老板就要灭了我了。
如果之前查了它的CT这么靠后我就订别的了。
顶部
purrr[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 72864
精华 0
积分 362
帖子 384
信誉分 100
可用分 2786
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-15
状态 离线
39

发表于 2015-6-1 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主，我是新手上路，迷茫了好久，看到帖子真的是泪流满面
想向您请教几个问题，
（1）我想要用real-timePCR检测细胞中的成熟microRNA,但是ABI的Taqman探针实在是太贵了，想用SRBY GREEN做，
但是不知道RT茎环引物的设计该从何下手？希望楼主可以指点迷津~~
（2）我同时还想检测microRNA调节的上下游mRNA的量，我查了文献，发现大部分文献中的mRNA和microRNA分开使用不同的内参，比如说mRNA用GAPDH做内参，microRNA用U6做内参。为什么microRNA要单独使用一个内参标准呢？
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
40

发表于 2015-6-1 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

1.你自己在论坛里面查下。 有这个RT的资料。 我试了一下用关键词“颈环”
2.因为大多时候mRNA和miRNA的退火温度不同，无法同一批跑PCR，所以分别有自己的内参。
顶部
 69  4/7 ‹‹1234567››