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标题:【讨论帖】microRNA内参，u6,u6a,u6b，到底如何选择

dog002[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
不好意思，我做的细胞，没有做血清，没有发言权。
但是或许可以类推吧！

============================

你做的人的细胞么？是人的U6？
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1.你自己在论坛里面查下。 有这个RT的资料。 我试了一下用关键词“颈环”
2.因为大多时候mRNA和miRNA的退火温度不同，无法同一批跑PCR，所以分别有自己的内参。

================================================================

还有您给的这个U6的退火温度好像很低，能不能和miRNA的Q-PCR一起跑呢？
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发表于 2015-6-1 16:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有谁知道 ABI 的U6试剂盒的具体名字和代码吗？貌似网上找不到
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园丁##[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 dog002 于 2015-6-1 16:12 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
不好意思，我做的细胞，没有做血清，没有发言权。
但是或许可以类推吧！

============================

你做的人的细胞么？是人的U6？


恩，是人的u6.
u6作为内参，是忽略退火温度的影响的，这对序列不是我设计的。
当你现有的知识无法解释，而你又急着用时，可以先借用别人的序列使用。
当然，如果事后还有疑惑，可以再次评判U6作为内参在你的样本里面是否妥当。
认为u6作为内参不合适的，是u6量的稳定性决定的，而不是引物的退火温度。
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园丁##[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 阿福 于 2015-6-1 16:15 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
有谁知道 ABI 的U6试剂盒的具体名字和代码吗？貌似网上找不到

建议直接电话ABI客服
cuturl('http://www.baidu.com/link?url=b7c49830fc293c5e471ef23de092fddc99fdd688680ca9fb20cc8c8de7924e212c53bbfd6cd6e09677f4468271a5')
ABI东西太贵。呵呵。
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问U6有几种？U6-1是 U6-2一样的么？
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园丁##[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 shenkunjie 于 2015-6-1 16:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

请问U6有几种？U6-1是 U6-2一样的么？

u6，also as know RNU6A,RNU6B，分别对应 RNU6-1，RNU6-2。
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发表于 2015-6-1 16:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

u6，also as know RNU6A,RNU6B，分别对应 RNU6-1，RNU6-2。

楼主你好，我最近也遇到了问题。我用的是takara 的rt-pcr的试剂盒，mir以及u6逆转录时用的都是特异性的锐博公司提供的引物，实时定量pcr的上下游引物也用的是他们公司的。但是pcr的扩增效率只有60%，请问下，你觉得问题可能出在哪里？另，你的mir实时定量的上下游引物也是找生工设计的么？
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园丁##[使用道具]
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发表于 2015-6-1 16:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

mir实时定量的上下游引物是我自己设计的。
主要是参照Chen2005年的文章，附件中有原文和support文件.
同时曹雪涛院士也是用的锐博的mirna引物，但是他公布了序列，附件中有原文和support文件：
可以仿照设计，并且有自己的miRNA引物序列可供发表文章使用。然后拿到英俊合成的PAGE纯化的引物。
用的也是takala的全套pcr产品。
对于扩增效率只有60%，如果排除了温度的影响，不好意思，我没有什么好的建议，唯一的建议就是换引物。
祝好！
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shenkunjie[使用道具]
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 小中大
问了他们公司，他们说他们准备再检测下，看看是不是60°是最好的退火温度！有消息会马上告诉你的！
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