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标题:【讨论帖】microRNA内参,u6,u6a,u6b,到底如何选择

shenkunjie[使用道具]
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mir实时定量的上下游引物是我自己设计的。
主要是参照Chen2005年的文章,附件中有原文和support文件.
同时曹雪涛院士也是用的锐博的mirna引物,但是他公布了序列,附件中有原文和support文件:
可以仿照设计,并且有自己的miRNA引物序列可供发表文章使用。然后拿到英俊合成的PAGE纯化的引物。
用的也是takala的全套pcr产品。
对于扩增效率只有60%,如果排除了温度的影响,不好意思,我没有什么好的建议,唯一的建议就是换引物。
祝好!
......

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你好,还有个问题想请教下你。我买的锐博的说明书上有一个rt-pcr的体系,takara也有个rt-pcr的体系,两者体系是不一样的,比如说引物的量,cDNA的量等等,我想请问,你采用的是哪个呢?谢谢指导!
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园丁##[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 shenkunjie 于 2015-6-1 16:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
mir实时定量的上下游引物是我自己设计的。
主要是参照Chen2005年的文章,附件中有原文和support文件.
同时曹雪涛院士也是用的锐博的mirna引物,但是他公布了序列,附件中有原文和support文件:
可以仿照设计,并且有自己的miRN ...

你好。
我是自己使用的合成引物。
所以使用的是takara的rt-pcr的体系,用的是特异性引物针对的引物的量。
我也见过锐博的说明书,其实你仔细看下,他们可以综合在一起使用,不冲突的。
如果还有疑惑,我就去实验室翻我的记录后给你回复。
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mickeylin[使用道具]
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我的做法是先逆转录再荧光定量pcr!
逆转录使用特异性引物(u6的反向引物)。
u6,also as know RNU6A,RNU6B,分别对应 RNU6-1,RNU6-2,
U6 F CTCGCTTCGGCAGCACA
U6 R AACGCTTCACGAATTTGCGT
这个引物是在google学术搜索里面检索出来文献最多的,有多篇cancer reserach高影响因子使用,且经丁香园内朋友使用,反应很好!
在生工合成的,今天pcr结果非常好!U6的ct 13.1左右。
另外,多谢园友提醒,这些u6都是用于人的。不清楚,也没有验证是否可以用于老鼠!
希望能够给大家一点帮助。
对你有帮助的话,请投票支持!对你有帮助的话,请投
......

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楼主没提探针,您用的是sybgreen 染料吗?
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园丁##[使用道具]
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对,没用探针。 当时发现国外有些高影响因子的文章没用探针,加上经济考虑,选择sybr green。
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mickeylin[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:21 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
对,没用探针。 当时发现国外有些高影响因子的文章没用探针,加上经济考虑,选择sybr green。

那您跑胶或测序以证明是特异目的产物,除了溶解曲线
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园丁##[使用道具]
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那您跑胶或测序以,除了溶解曲线

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跑胶证明是特异目的产物,未测序。
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eor[使用道具]
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第二个问题,我当时也考虑过对u6,是进行特异性的反转录(用u6-r),还是用oligo(dT)常规扩增,后来选了只用u6-r做。考虑到既然mirna用了特异性的引物,u6也用特异性的,更具有可比性。

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您好,我是新手,最近要做microRNA的东西,选择染料法,向同学大概了解了一下,但是还是有很多地方不明白。例如您上面讲的特异性反转录,同学告诉我的是在反转录之前需要多一步加A尾,之后就和mRNA一样了,而且可以用mRNA的反转录试剂盒。您上面提到的“进行特异性的反转录(用u6-r),还是用oligo(dT)常规扩增”是什么意思,是扩增的时候只加这条链吗,还是在别的步骤有什么特殊的操作?
另外,我在搜索目的基因序列时找的比较困难,好不容易有篇文献中提供了序列,但是说巢式pcr,然后提供了四条链,分F1 ,F2, R1 ,R2 ,之后我查了相关资料,说是进行两次pcr,没明白是什么意思,现在迷茫中,希望您帮忙解答,万分感谢。
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cj_mondy[使用道具]
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楼主,问您一个问题。
我想要定量的是与AGO2蛋白结合的miRNA的量。先用anti-AGO2抗体做IP之后,再用Trizol处理洗脱液,提取相应的RNA做反转录以及realtime定量。这个时候就不能再用U6作为内参了。因为它虽然是小RNA但是不与AGO2结合。想问您这个实验中应该选取什么内参来定量呢?
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园丁##[使用道具]
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原帖由 cj_mondy 于 2015-6-1 16:23 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼主,问您一个问题。
我想要定量的是与AGO2蛋白结合的miRNA的量。先用anti-AGO2抗体做IP之后,再用Trizol处理洗脱液,提取相应的RNA做反转录以及realtime定量。这个时候就不能再用U6作为内参了。因为它虽然是小RNA但是不 ...

您好,水平有限无法回答,见谅,请单独发帖请教,如果关于研究机密,请隐藏掉你的蛋白名称。 我想应该有文章做过蛋白结合miRNA,看下文章中是如何找内参的。
提问几个问题,仅供参考,不知道AGO2结合几种miRNA? 有几个结合位点? 你是做AGO2的结构,找与miRNA结合位点吗?
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veiwu[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-1 16:24 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

您好,水平有限无法回答,见谅,请单独发帖请教,如果关于研究机密,请隐藏掉你的蛋白名称。 我想应该有文章做过蛋白结合miRNA,看下文章中是如何找内参的。
提问几个问题,仅供参考,不知道AGO2结合几种miRNA? 有几个结合位点? 你是 ...

用oligo(dT)常规反转录U6 RNA,做U6cDNA real time的时候选U6 F CTCGCTTCGGCAGCACA U6 R AACGCTTCACGAATTTGCGT作为引物呢
还是只用forward primer,反向引物用uni-miR qPCR primer(Takara盒子里的)?
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