PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【讨论帖】microRNA内参,u6,u6a,u6b,到底如何选择

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【讨论帖】microRNA内参,u6,u6a,u6b,到底如何选择

youyou99[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75216
精华 0
积分 583
帖子 765
信誉分 100
可用分 4756
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
61
 
我的做法是先逆转录再荧光定量pcr!
逆转录使用特异性引物(u6的反向引物)。
u6,also as know RNU6A,RNU6B,分别对应 RNU6-1,RNU6-2,
U6 F CTCGCTTCGGCAGCACA
U6 R AACGCTTCACGAATTTGCGT
这个引物是在google学术搜索里面检索出来文献最多的,有多篇cancer reserach高影响因子使用,且经丁香园内朋友使用,反应很好!
在生工合成的,今天pcr结果非常好!U6的ct 13.1左右。
另外,多谢园友提醒,这些u6都是用于人的。不清楚,也没有验证是否可以用于老鼠!
希望能够给大家一点帮助。
对你有帮助的话,请投票支持!对你有帮助的话,请投票支持!
......

=========================

u6引物有没有物种特异性?
顶部
youyou99[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75216
精华 0
积分 583
帖子 765
信誉分 100
可用分 4756
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
62
 

不知道有人比较过骨髓中U6与U6B那个更适合做内参吗?U6感觉用的多些,但不知在骨髓中如何
有人知道U6在骨髓中一般CT值多少呢
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
63
 


QUOTE:
原帖由 youyou99 于 2015-6-1 16:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

不知道有人比较过骨髓中U6与U6B那个更适合做内参吗?U6感觉用的多些,但不知在骨髓中如何
有人知道U6在骨髓中一般CT值多少呢

强烈建议个人查下文献,相信您不是第一个做骨髓中的mirna的。
当然,也可以开新贴询问,因为u6的ct值一般文献里面没有。
祝顺利!
顶部
shenkunjie[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76942
精华 0
积分 712
帖子 1124
信誉分 100
可用分 6420
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-11
状态 离线
64
 

对啊,查了20多篇,没有一篇把原始CT值放上来的
顶部
panda王[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 72140
精华 0
积分 852
帖子 1444
信誉分 100
可用分 7919
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-5
状态 离线
65
 
用oligo(dT)常规反转录U6 RNA,做U6cDNA real time的时候选U6 F CTCGCTTCGGCAGCACA U6 R AACGCTTCACGAATTTGCGT作为引物呢
还是只用forward primer,反向引物用uni-miR qPCR primer(Takara盒子里的)?

=================================================

请问关于这个问题,您现在有答案了吗?可不可以分享一下。
顶部
panda王[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 72140
精华 0
积分 852
帖子 1444
信誉分 100
可用分 7919
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-5
状态 离线
66
 

请问楼主,TAKARA家的microRNA试剂盒(加尾法)做qRT-PCR时,可以使用您推荐的U6引物吗?
顶部
xue258[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75643
精华 0
积分 746
帖子 1171
信誉分 100
可用分 6696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-26
状态 离线
67
 

战友好,最近刚刚在接触miRNA,菜鸟级别的。有几个问题想向您请教一下。我准备做miRNA的染料法荧光定量分析,想采取PolyA加尾法进行反转录。我查了文献,文献中说加尾之后进行反转录,需要加入反转录引物,后续PCR定量时只需要设计上游引物,下游引物是通用的。但是内参基因U6是有一对引物且反转录引物就是U6的下游引物。那么现在我想知道,我每个样本要做目的基因和内参U6,那我是不是需要每个样本进行2管加尾反转录,目的基因管加尾后反转录加入RT Primer,而我的内参U6管,加尾后要加入U6下游引物?还是说不用分开做反转录,直接把每个样本加尾处理后反转录加入RT Primer即可?后续做荧光定量直接用反转录后的模板加入上游引物和下游通用引物就行~~盼回复~~
顶部
october7[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 77254
精华 0
积分 448
帖子 616
信誉分 100
可用分 3856
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-15
状态 离线
68
 

楼主,我想问一下,我想RT-pcr一种microRNA,想选择U6做内参,我设计了microRNA的颈环引物作为逆转的时候使用,但是我想知道,你分享的引物是U6逆转的时候用的特异性的引物吗?还有如果是的话,这是针对SNU6-1的还是2的?,真的很想知道,谢谢楼主
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
69
 


QUOTE:
原帖由 october7 于 2015-6-1 16:29 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

楼主,我想问一下,我想RT-pcr一种microRNA,想选择U6做内参,我设计了microRNA的颈环引物作为逆转的时候使用,但是我想知道,你分享的引物是U6逆转的时候用的特异性的引物吗?还有如果是的话,这是针对SNU6-1的还是2的?,真的很想知 ...

不好意思,我primer blast后没有找到具体的这个引物是SNU6-1 还是SNU6-2.
另外,我好久没有做microRNA,这个东西忘的差不多了。
针对SNU6-1的还是2,有什么差别吗?
顶部