现从我的角度给您提供以下参考意见:
一、 各位高手:
我是一名新手,打算作real-timePCR,荧光标记是TAMER 和FAM,有几个问题我想请教。
1,能否用一般的PCR试剂盒。
(一般情况下不可以,但我们自己开发的——通用PCR核心试剂盒——可以适用于荧光和普通PCR)
2,我在普通PCR仪中摸索的反应条件与体系能否用于real-timePCR,如果需要改变体系和条件,有没有经验主要以改变什么条件为主。
( 如采用通用PCR核心试剂盒,微调镁离子浓度(终浓度1.5-5.0mM),按照您原来的程序或我们建议的程序,您可先用普通法看能不能扩出片段;如能扩出,上荧光仪器时仅需要微调镁离子浓度(终浓度3-5.5mM),可以按照我们建议的程序进行扩增,可大大减少您优化体系的时间和费用;
3,是否一定需要内标。
(内标有固然好,但这需要更多的技巧和经验,且和仪器紧密相关。建议刚开始不要用内标)
4,能否请主任和各位高手把你们的protocol发给我参考,谢谢。
(版式不对,在这显示的乱七八糟;需要的人可以给我EMAIL地址,我发过来,我的地址是transhold@citiz.net
  
小妹还有两个问题
1、是否所有resltime pcr均需要标准品,而且标准品是否一定是自己合成序列克隆到质粒表达后提取的DNA,除此以外还有没有别的什么可以充当标准品。
(你也可以用含目的基因的标本的扩增产物纯化后来充当阳性对照,梯度稀释后作为标准品;只是该标准品的保存时间可能不太长,易降解;或合成标准品,该标准品生物特性也有一点不好,易吸附在壁上,梯度稀释后使用前要充分混匀,否则线形不好)
2、teqman探针和sybergreen的区别是什么,两者均需要标准品吗?
(taqman探针原理:在通常的PCR扩增体系中加入一个特异性的荧光探针,该探针为一段寡核苷酸,两端分别标记报告荧光基团和荧光淬灭基团。探针完整时,报告基团的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增过程中,利用Taq酶5’-3’外切酶活性将探针降解,使报告荧光基团和荧光淬灭基团分离,监测系统便可接收到荧光信号。每扩增一条新DNA链,就有一个荧光探针降解,荧光信号与PCR产物的同步累积。
sybergreen原理:在PCR反应体系中,加入SYBR荧光染料;SYBR荧光染料掺入DNA双链后,能发射荧光信号,而不掺入双链的SYBR分子不发射荧光信号,因此荧光信号与PCR产物同步增加。
二者特异性不同,前者TAQMAN探针增加了扩增的特异性,后者如有非特异性扩增仍能检测出荧光曲线。
其实你只要准备好待检的DNA样品(已经提纯),引物,探针,采用我们的试剂盒就可以上机操作了,来检验或调整体系,看是否有扩增曲线(S型线);下一步才是制作标准品进行定量的问题。)
紧急求助,希望各位高手给予帮助
小妹还有几个问题想请教:
1、同一台荧光定量pcr仪是否即可以作探针也可以作染料的。 (是的)
2、探针和染料的试剂盒是否一样的。 (做成一样比较难,但我们做到了,我们的热启动荧光PCR核心试剂盒两种体系都可以适用)
3、我要用的是探针,可不可以推荐一些价格便宜一点的试剂盒。(价格只有PE的一半,且是50ul体系)
4、我要扩增的片断是160bp,这种长度能否通过合成制定标准品。 (可以)
5、请问哪里可以找到如何使用纯化样品的PCR产物作标准品的方法的相关资料。(建议:先建立反应体系,再来做标准品)