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标题:【求助】关于realtimePCR条件如何摸索?

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请教主任:
我是real-time的新手,试验的内参用的是b-glublin,师姐给的primer和probe的序列,我就用了,可经real-time在有些细胞里却没有测出表达,回头一查原文章,forwardprimer和probe的序列都有错,但考虑到在有些细胞里还是能够测到表达的,所以想请问到底是是primer和probe影响了我的实验结果?还是b-glublin在有些细胞中确实表达很低?我需不需要重新买引物和探针?
多谢
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你将你的PRIMER和PROBE在BLAST 上查一下,是不是在目的基因上,如果不在目的基因上,就是能扩出来也不是你想要的。
不过b-glublin的确不是很常用的内参基因,我手头上的资料都没有关于b-glublin,所以我也不太清楚它是不是表达量很低。你作出来的b-glublin平均的拷贝数或CT值是多少?如果你的平均拷贝数已经接近检出最低限,那么你就要增加模板量或者换一个内参基因。
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我是real-time 的新手,绝对的菜鸟,希望大家各位兄弟姐妹帮我。
我提取的是血中的一种DNA,要绝对定量此DNA,则需要画标准曲线,用标准品(target copy number),可我不知道怎么提取1000个男性细胞(要精确),有没有简单点的方法?
我的实验的原文作者文章中写:the conversion factor of 6.6pg of DNA per cell was used,for expression of results of copy numbers.
是不是这句话和此有关系,我写信问过他,他没回我,请各位赐教,小妹若有让大家笑,偷偷的笑即可,一定要回答我啊。
SadSadSadSad
......

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你要精确提细胞是要做DNA标准品吗?用质粒DNA比较好。
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根据主任的建议我现在采用质粒DNA做标准,但在稀释时又出现了问题,如何保持每个稀释度的准确性.我按10倍的梯度稀释,但浓度并没有呈现梯度,甚至低浓度的的测量值高于高浓度的,重复了多次后仍然没有解决这个问题.上了机器之后结果也是乱七八糟.请各位战友指导一下,如何做才能保证稀释浓度的准确性.
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_第一要保证枪的准确性。我个人感觉最好10ul+90ul这样稀释,如果没有小量程的,尽量用最准确的。第二,稀释时每一步要充分混匀。第三,如果有条件,用rRNA溶液稀释。如果用水稀释,则不要反复冻融,而且用新鲜的稀释品。我的经验是新鲜稀释品1天之内4度保存,第二天用新的稀释品。
切记!还要保证没有污染。
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谢谢各位高手指点,这里向大家有礼了!Smile
目前跑细胞株药物作用后的基因表达趋势,觉得real-time还是能做出一点趋势来的,虽然不同锅之间的差异问题还是存在,但是我只有通过不断的重复来肯定所得的结果。不过,我不知道如果要发文章,怎样才算是有科学性的?是给一条曲线,上面标出复管之间的误差线呢,还是发至少三条曲线上去,说明结果是solid的?QuestionQuestion
以我的经验觉得,realtime在结果的可信性上确实存在问题,一次结果实在不能说明问题,我看3次也未必能够。因为实在太不容易稳定了,不同锅之间根本不可能进行统计分析,所以我觉得realtime的统计和传统的PCR肯定是不一样的,比如如何进行临床标本检测的统计?如何进行实验研究的统计。我指的不是简单的阳性阴性,而是数值上的变化和变化所赋予的意义,这点我非常想得到高手的指点!!
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今天才看到这个帖子,不知道回的晚不晚,因为前一阵子我也在做TAQMAN,现在已经作完,我想就我的心得回答你的问题。
我想如果发文章的话,可以不必给出曲线吧,我查过的一些文献就没有,如果要给的话,给出你最能说明问题的即可Tongue
关于你说不同管的误差实在太大,可以通过在一个管内加完样再分装成2或3各管来解决,这可是园友们告诉我的哦Blush,我这样做了,很有效,误差变得小多了Big SmileBig Smile
关于你说的统计问题,我刚开始用的是scheffe's Ftest,感觉效果不是太好,因为我的病例少,不属于正态分布,后来改用mann- whitney进行分析,效果很好,数据变得有统计学意义了。我认为比较适用于不清楚样本是否属于正态分布的数据分析。
以上是我的心得,不知对你是否有帮助!
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哥们儿:
作两步法是需要考虑到反转录产物中的镁离子浓度对PCR反应体系的影响,我现在正在用ABI和MJ公司的机器作realtime PCR,效果很好。
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chengjie79[使用道具]
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我认为退火温的问题可用降落PCR的方式解决
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可以!而且PCR机器程序中有降落PCR选项.
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我定了taqman探针,准备做mRNA量的变化的。是不是可以做相对定量,那标准曲线用我的样本稀释可以吗,另外不做内参校准行吗。判回复。
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回复 #69 3.14 的帖子

如果你用样本稀释,只能是相对定量,因为你没法确定样本中基因的拷贝数。但是我认为花这么多钱只做相对定量不太合算。
内参必须要有的。比如你每个样本都用100,000个细胞,但是提RNA 和cDNA合成的效率都不尽相同,这样的出的模板量也不同。起始模板量不同,作出来的基因表达量也没有意义。
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