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标题:【求助】关于realtimePCR条件如何摸索?

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谢谢
是不是我需要用质粒扩增做标准品?
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milkdog[使用道具]
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我新手,准备用探针方法做real-time荧光定量PCR测定DNA的拷贝数。我看文献上都用参比基因作内对照同时也有外标准。可是厂家给我提供的方法采用的是外标法,由于对基因测定方面所知甚少,想要请教一下,这两种方法在测定灵敏度、准确度上有何差异?何种方法是绝对定量?文献上所说“基因剂量值是0.7--1.02"指的是绝对定量吗?厂家说他们的taqman系统定量基因拷贝要在10的2到5次方才能测到,这个值也是绝对定量吗?
问题太肤浅,谢谢您能为我解答!
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newway[使用道具]
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据俺的经验,1000copies以下用real time pcr的检测灵敏度的可以达到,但要到1000copies以下是比较艰难的,我用real time pcr最低极限是10copies,你用的是BIORAD仪器,建议用42个循环。
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jingling845[使用道具]
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你好,我也是新手。我现在要做荧光定量RT-PCR。请问绝对定量和相对定量有什么差异?
假如我用凝胶回收的产物,测过浓度后直接稀释的话,可以吗?
国外的文献报道都是在不同管中扩增看家基因和目的基因,然后将两个的拷贝数相除,但是国内的文献在做RT-PCR的时候都是将看家基因和目的基因一起扩增。我怎么做才合理?
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H2O[使用道具]
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定量PCR的绝对定量是以定量的质粒DNA或纯化的DNA产物做标准曲线,然后根据标准曲线计算待测样本基因的拷贝数。相对定量我不是很了解,很多人是用样本做标准曲线,因为很难确定样本中目的基因的精确拷贝数,所以得出来的结果是一种相对结果。
关于标准曲线,最好用质粒DNA作,国外文献几乎没有用DNA产物作的,因为DNA产物中其他成分太多,如剩余引物,非特异括增等,这些都是DNA的定量不准确。如果一定要用DNA产物,那么就纯化先。
定量PCR能检测到的最低拷贝数可由於机器,试剂和目的基因不同而不同。但是很多情况下,只要系统优化好检测到几个拷贝数没有问题的。我作得都能到5个拷贝数。有时候没有必要追求很低得拷贝数,你的目的基因的拷贝数大体在哪个指数级,只要能达到低一个指数级就可以。
关于内参基因,国外很少见到在一个管中同时扩目的基因和内参的,因为有可能存在竞争而使定量不准确。但是不同管扩,反应条件可能会有差别,但是如果有很规范的操作和控制,这种差别会很小的。
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定量PCR的绝对定量是以定量的质粒DNA或纯化的DNA产物做标准曲线,然后根据标准曲线计算待测样本基因的拷贝数。相对定量我不是很了解,很多人是用样本做标准曲线,因为很难确定样本中目的基因的精确拷贝数,所以得出来的结果是一种相对结果。
关于标准曲线,最好用质粒DNA作,国外文献几乎没有用DNA产物作的,因为DNA产物中其他成分太多,如剩余引物,非特异括增等,这些都是DNA的定量不准确。如果一定要用DNA产物,那么就纯化先。
定量PCR能检测到的最低拷贝数可由於机器,试剂和目的基因不同而不同。但是很多情况下,只要系统优化好检测到几个拷贝数没有问题的。我作得都能到5个拷贝数。有时候没有必要追求很低得拷贝数,你的目的基因的拷贝数大体在哪个指数级,只要能达到低一个指数级就可以。
关于内参基因,国外很少见到在一个管中同时扩目的基因和内参的,因为有可能存在竞争而使定量不准确。但是不同管扩,反应条件可能会有差别,但是如果有很规范的操作和控制,这种差别会很小的。
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按你说的保存情况,储存应该是没有问题的。如果是探针降解,可能会使结果不稳定,差别比较大,但是应该不会出现一轮有一轮完全没有。
你的机器的设定一直没有变吗?我对ABI7700不了解,但是我想所有的定量PCR机器原理应该都相似吧。如果你的multicomponent显示有荧光,会不会问题出在机器连接之类的问题上呢?也就是你的探针发出荧光,机器也检测到了,但是这些信号没有进入分析软件,所以机器分析没有结果。
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相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征
主任,感谢你多次帮忙,现在问题还是没有解决。
我现在觉得不是机器的问题。我已经与ABI的工程师联系了,他说下周来帮我看看。在此期间,我用我们实验室的另一台机器Roch的Lightcycle又做了两次,结果也未出现荧光。是不是其他的又问题呢?我的试验是从接手探针和引物开始的,设计是别人做的。产物为202bp,与此有关吗?好像最优在60~150bp吧。我把我的引物和探针序列写上,您帮我看看,我是不是需要重新设计合成。多谢了。
上游:gga ccc aaa gaa ccc tat c 58
下游:tgc caa tat ctc tac atg c 54
探针:tca gcc gga tgt ccc tca ct 64
后面的数字为Tm值,计算公式为2×(a+t)+4×(C+G)
我的反应条件:94c 10min
94c 30sec
50c 30sec
60c 45sec
我实在是想不通,我现在无法解释以前有几次出结果是怎么回事了,太奇怪了,本来应该是重复性和稳定性的问题,现在成了有和无的问题。我用的酶是Tfl,与此有关吗。
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我现在觉得不是机器的问题。我已经与ABI的工程师联系了,他说下周来帮我看看。在此期间,我用我们实验室的另一台机器Roch的Lightcycle又做了两次,结果也未出现荧光。是不是其他的又问题呢?我的试验是从接手探针和引物开始的,设计是别人做的。产物为202bp,与此有关吗?好像最优在60~150bp吧。我把我的引物和探针序列写上,您帮我看看,我是不是需要重新设计合成。多谢了。
上游:gga ccc aaa gaa ccc tat c 58
下游:tgc caa tat ctc tac atg c 54
探针:tca gcc gga tgt ccc tca ct 64
后面的数字为Tm值,计算公式为2×(a+t)+4×(C+G)
我的反应条件:94c 10min
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50c 30sec
60c 45sec
我实在是想不通,我现在无法解释以前有几次出结果是怎么回事了,太奇怪了,本来应该是重复性和稳定性的问题,现在成了有和无的问题。我用的酶是Tfl,与此有关吗。
......

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不知你的问题解决没有?
产物202应该没有问题,我有同事做过200多的,完全没有问题。引物、探针看着也没有问题。
一点建议,TAQMAN的program多用两步法,所以试试94c 10min, 94c15s, 60c左右60s (这步我们大都用62c)。
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seagate[使用道具]
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我的问题解决了!ABI公司的工程师来给调了一下机器,然后我用您推荐的条件做了几次,结果都不错。前面出错的原因是机器把40个循环误认为是一个循环,所以尽管有荧光强度,但没法分析。但他认为不是软件的bug,具体原因他也说不清,说回去请教一下资深工程师。不管怎样,我现在有结果了,谢谢您的多次指点,受益匪浅!
不知其他战友有没有用ABI7700做real-time的,有没有遇到过类似的问题!觉得非常奇怪。
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