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标题:【求助】知道基因和位点,如何查SNP的rs号码,...

ns5fan[使用道具]
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先天性卵巢发育不全综合征
知道引物序列后,可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841'),找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内; 2. 单击sunmit;3. 出现扩增后的PCR序列后,单击左侧的链接。出现你要的结果,从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。


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知道引物序列后,可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841'),找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内; 2. 单击sunmit;3. 出现扩增后的PCR序列后,单击左侧的链接。出现你要的结果,从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。

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先天性卵巢发育不全综合征

好啊,有了这个,就可以把我先前帖的步骤简化好多。
谢谢!
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可以试试在scholar.google.com中能不能找到对应的RS号码,如果有就很方便了,不然都是可以根据给出的信息来确定的,没有问题,就是要麻烦一些而已。
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简森si[使用道具]
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知道引物序列后,可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841'),找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内; 2. 单击sunmit;3. 出现扩增后的PCR序列后,单击左侧的链接。出现你要的结果,从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。



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先天性卵巢发育不全综合征

从图中怎么看出3个SNP位点?谢谢
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veiwu[使用道具]
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知道RS号码,如何查找位点呢?有的文章只是给出RS号码,没有位点的标记
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QUOTE:
原帖由 气泡 于 2015-6-2 15:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
知道引物序列后,可以借助UCSC的In-Silico PCRcuturl('http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841'),找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应 ...

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你好,我按照你的方法查snp,但没有显示序列号,是代表没有snp吗?谢谢


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可能你下面的选项SNP没设置,可选择pack
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vvmmoy[使用道具]
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对于错义突变SNP,很简单查rs号的方法是上SNPs3D网站(cuturl('www.snps3d.org')),在网页第一个框内输入基因名,如AGT,search得到错义突变的SNP及rs号连接。
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xue258[使用道具]
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我想知道CISH基因在-639和+1320处的SNP的rs号,怎么查呀?谢谢。
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shenkunjie[使用道具]
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cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=88952908&db=Nucleotide&from=313324&to=313943&view=gbwithparts')
网页链接不上,还有,怎样比较两引物的BLAST结果,选取结果相同的项目 ,得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。
谢谢楼主
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