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标题:【求助】如何验证引物特异性??

zzzz[使用道具]
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通过BLAST验证,既可知道序列是否正确,也可同时了解引物的特异性、引物的位置及PCR产物的大小等。
基于完全匹配原则设计的引物,可以用Blast的“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”搜索,具体方法为:
1. 打开Blast,点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”
2. 等新页面完全显示后,将引物序列直接copy到“Search”框(没有必要将下游引物序列转换成其互补链),下面3种方法都可以(我觉得这3种方法的搜索结果没有什么区别,没仔细比较过哦!)
 (1)直接拷贝上游引物序列,然后直接将下游引物序列拷贝在上游引物后面
 (2)直接拷贝上游引物序列,在上游引物序列后加一空格,然后直接将下游引物序列拷贝在空格后面
 (3)直接拷贝上游引物序列,换行,然后直接拷贝下游引物序列
注意:记住上、下游引物的长度,如上游引物为19bp、下游引物为18bp,这在查看Blast结果时有用。
3. 点击“BLAST!”,新页面完全出来以后,点击“Format!”。
4. 结果完全出来后,查找有没有和1-19、20-37同时完全匹配的基因,其他的就不用考虑了。当然,如果下游引物序列所对应的基因片段的3'端正好和上游引物序列的3'端的1或2个碱基互补,那就可能是19-37或18-37。
如果有,那你的引物序列就是正确的。
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feiya[使用道具]
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谢谢你的讲解,但经过这样的blast,对检测引物的特异性效果还是不好啊
还有没有更好的方法呢
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一叶[使用道具]
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楼上战友提出的问题很好。引物的延伸从3’端开始,因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对,不能进行任何修饰,否则不能进行有效的延伸,甚至导致PCR扩增完全失败。考虑到密码子的简并性,引物3’端最后一个碱基最好不与密码子第三个碱基配对,引物5’端可以有与模板DNA不配对碱基,在5’端可以引入一段非模板依赖性序列如:5’端加上限制性核酸内切酶位点序列(酶切位点5’端加上适当数量的保护碱基)5’端的某一位点修改某个碱基,人为地在产物中引入该位点的点突变以作研究以及5’端标记放射性元素或非放射性物质(如生物素、地高辛等)。。过去认为,引物3’端应牢牢结合在模板上才能有效地进行延伸,故3’端最好为G或C,现在的观点认为,引物的5’端应是相对稳定结构,而3’端在碱基配对的情况下最好为低稳定性结构,即3’端尽可能选用A或T,少用G或C这是因为仅仅3’端几个碱基与非特异位点上的碱基形成的低稳定性结构是难以有效引发引物延伸的,如果3’端为富含G、C的结构,只需3’端几个碱基与模板互补结合,就可能引发延伸,造成假引发。不知道上面的战友明白没有?我在总结一下:引发延伸是多个因素的综合结果。如果3’端富含G、C的结构只需3’端几个碱基与模板互补结合,就可能引发延伸,造成假引发。而如果选用A或T这种低稳定性结构仅仅靠3’端几个碱基是不能引发的。需要综合其他因素才引发。。就避免了假引发的发生。。
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jude[使用道具]
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我写的专门进行PCR引物特异性评估的网站:
cuturl('http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0/')
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jude[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 一叶 于 2015-6-3 09:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
楼上战友提出的问题很好。引物的延伸从3’端开始,因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对,不能进行任何修饰,否则不能进行有效的延伸,甚至导致PCR扩增完全失败。考虑到密码子的简并性,引物3’端最后一个碱基最好不与密 ...

是这样的,简单的使用BLAST而不考虑其他因素,是很难对一对引物做出有效的评估的。
Bioinformatics. 2009 Jan 15;25(2):276-8. Epub 2008 Nov 27.
MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers.
Qu W, Shen Z, Zhao D, Yang Y, Zhang C.
Beijing Institute of Radiation Medicine, State Key Laboratory of Proteomics, Beijing, China.
Abstract
SUMMARY: We developed a program named MFEprimer for evaluating the specificity
of PCR primers based on multiple factors, including sequence similarity,
stability at the 3'-end of the primer, melting temperature, GC content
and number of binding sites between the primer and DNA templates.
MFEprimer can help the user to select more suitable primers before
running either standard or multiplex PCR reactions. The cDNA and genomic
DNA databases of 10 widely used species, as well as user custom
databases, were used as DNA templates for analyzing primers specificity.
Furthermore, we maintained a Primer3Plus server with a modified
Primer3Manager for one-stop primer design and specificity checking.
PMID: 19038987
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