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标题:【求助】如何在ncbi验证在文献中查找的引物序列是否正确

mimili_901[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何在ncbi验证在文献中查找的引物序列是否正确


请教大家如何在ncbi验证在文献中查找的引物序列是否正确
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JK.jon[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

进入blast，在窗口中将找到的序列输进去，点blast，如果序列正确的话得到的结果会显示出基因名称，在全长中的位置，可以根据位置算出大小，如果与文献上的描述吻合，就验证了你找到的引物序列了
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ending[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

相关疾病：
电击伤
copy引物序列
进入NCBI的BLAST选项，选short blast
paste引物序列在对话框，点击blast
点击新页面的format按钮
等待
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caihong[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

short blast比对单个引物，common blast 可以比对引物对。
引物对blast:
输入的引物之间用空格或移行隔开；结果显示，正确的靶序列应是plus/plus+plus/minnus，即在同一序列内出现成上下游关系的两个反向引物序列。
但是有的引物对的比对结果出乎意料：只找到与其中之一相匹配的序列和位置，另一个就没有了。这种情况多出现在物种间同源序列的引物比对结果和变异速率较快的序列比对结果中。
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1.我在BLAST中没看到common blast啊?分别用上游下游引物在 Search for short, nearly exact matches 中搜索,发现都是完全匹配的,我想再用你说的common blast进行引物对的搜索,但是没找到common blast.
2.我找到完全匹配后还要不要在引物设计软件中进行评价呢?
3.谢谢!!
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youyou99[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我也想知道想找到引物对之间序列的大小到底怎么做呢？我也没有看到common blast 啊？
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youyou99[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不好意思，我blast ，但是我不知道如何分析结果啊
我怎么知道是否匹配啊
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newway[使用道具]
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发表于 2015-6-3 10:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
能否详细说明引物对的搜索 ?谢谢
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newway[使用道具]
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发表于 2015-6-3 14:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

如果仅仅是为了验证引物序列是否正确（仅适合于基于完全匹配原则设计的引物），也可以用Blast的“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”搜索，具体方法为：
1. 打开Blast，点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”
2. 等新页面完全显示后，将引物序列直接copy到“Search”框（没有必要将下游引物序列转换成其互补链），下面3种方法都可以（我觉得这3种方法的搜索结果没有什么区别，没仔细比较过哦！）
　（１）直接拷贝上游引物序列，然后直接将下游引物序列拷贝在上游引物后面
　（２）直接拷贝上游引物序列，在上游引物序列后加一空格，然后直接将下游引物序列拷贝在空格后面
　（３）直接拷贝上游引物序列，换行，然后直接拷贝下游引物序列
注意：记住上、下游引物的长度，如上游引物为19bp、下游引物为18bp，这在查看Blast结果时有用。
3. 点击“BLAST！”，新页面完全出来以后，点击“Format！”。
4. 结果完全出来后，查找有没有和1-19、20-37同时完全匹配的基因，其他的就不用考虑了。当然，如果下游引物序列所对应的基因片段的3'端正好和上游引物序列的3'端的1或2个碱基互补，那就可能是19-37或18-37。
如果有，那你的引物序列就是正确的。如下图红框中的就是检索到的与上、下游引物序列完全匹配的基因。其中，“Identities=19/19(100%)”和“Identities=18/18(100%)”表明基因的对应片段与上、下游引物序列完全匹配；717-2043之间的片段就是用此引物扩增所能得到的片段，其大小为1327bp。
从文献上查的引物，除了要用Blast验证其序列是否正确外，还是应该用软件分析分析到底引物好不好。


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dior[使用道具]
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发表于 2015-6-3 14:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我提几个建议：
1、一般文献中给出的引物都会提及引物所在的基因序列号，你可以在此基因中查找引物看看引物是否在序列之内。如果在序列之内应该没有问题，因为文章作者已经用过
2、可以上blast上比较，去看看引物的特异性怎么样，按照楼上几位所说的方法，看看是否有其它的不相关的基因。如果有，则证明引物的特异性不高，这对引物最好不用。
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