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在定量 PCR实验过程中，经常可以使用熔解曲线来进一步分析反应产物的特性。一般是在整个反应结束后，加设一段升温 降温程序：
以SYBR GREEN I 染料为例，这种非特异性结合 dsDNA 的染料，也可能和反应中的引物二聚体非特异性结合，而释放荧光信号，会导致仪器检测的信号不仅仅是目的基因的，所以需要在反应结束后设定一个升温过程，然后慢慢把温度降下来，因为不同DNA片段的解链温度不同，这时若PCR产物纯，则只会出现一个荧光峰，因为只有一个温度值，若有杂质，则会出现其他峰值，这是一个特异性检测方法。
另外，杂交探针试剂也可以用熔解曲线分析，作为 GENO TYPING 的一个方法
最近，有一种新技术 HRM 高分辨率熔解曲线，使用高饱和荧光染料 应用于 SNP分析，比如 RESO LIGHT 染料
