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标题:同志们看过来看过来啦~·snp、测序问题专贴

飞天小鹿[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
TO：何去何从

不能参照别的物种或人种的snp信息，差别会很大的
你只能去cuturl('www.hapmap.org')去找这个基因chb（中国北京汉族）的 tagsnp
来作为备选
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飞天小鹿[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好。
我上周将PCR的产物纯化以后给生物公司测序，结果他们测出来的序列我到网上比对不是我做的物种，而是我们教研室其他同学做的物种。是不是我在回收的过程中污染了呢，还是提取DNA的时候就污染了呢。
我提取的试剂和实验用的移液器都是自己用的。除了切胶回收的时候大家是一起用的一个板子。
麻烦你帮我分析一下原因，我以为自己测完序就能写论文毕业了，现在出现这种情况，急啊。
在线等答案，谢谢楼主。
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发表于 2011-8-9 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教一下，我现在在做宫颈癌相关基因的SNP，标本是用的是宫颈癌组织，但大部分文献上用的标本是人外周血，想问下，现在SNP使用外周血是基于什么原则，我现在所用标本会不会影响实验结果，对实验合理性有什么影响？谢谢，  
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阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #13 格格巫 的帖子

外周血就是人本来有的啊，就是遗传的，但是组织就有可能是局部突变的。也就是后天的因素了。这里有个例子，供你参考：非小细胞肺癌，EGFR等基因在组织中的突变类型跟后期用药的效果是相关的，检测病变组织中EGFR等基因的情况可以指导用药。但是外周血中的SNP等信息可能可以来预测单独个体的肺癌的可能，就是遗传上的倾向。
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大虾米[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #13 格格巫 的帖子

要找的snp都可以使用正常组织和血液
没有什么区别的
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假小子[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用PCR的方法提取了目的基因，连接到T载体后在大肠杆菌内转化，菌落PCR可以扩增出目的片段，再选择PCR阳性的菌落提取质粒，再进行PCR验证阳性。送去联合基因测序，说杂峰太多，没结果。请各位帮忙分析下，是怎么回事。苦了好几个月了，又是一场空啊。
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阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #16 假小子 的帖子

这关键在于质量提取以后dna德模扳量
不知道你们是否跑电泳或者定过量
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假小子[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #17 阿拉蕾 的帖子

你好，每次胶回收后都再跑一次电泳来看看条带亮度的。每次的亮度都还不错的。
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阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #18 假小子 的帖子

那你和他们测序地说
比较亮，建议稀释一下
作测序，还有最好把你测序结果的原始
峰图发上来看看
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橘子水儿[使用道具]
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发表于 2011-8-9 16:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教楼主，四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tet ra2 primer amplification ref ractory mutation system polymerase chain reaction ,tetra-primer ARMS-PCR)检测已知的SNP效果如何？老外承认这种方法吗？谢谢
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