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标题:同志们看过来看过来啦~·snp、测序问题专贴

葡萄籽[使用道具]
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大家好,我也有一个问题,我的目的片段连接到载体上以后拿去测序,测序结果是:我的目的基因在这个载体上,但目的基因前面不是P7.5启动子的序列,多了些未知的序列,这是为什么呢?是不是我对目的片段进行末端平滑化的原因呢?会对以后的同源重组有很大的影响么?
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阿拉蕾[使用道具]
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回复 #21 葡萄籽 的帖子

你去载体了吗?
应该是载体序列~~~·
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麻瓜[使用道具]
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各位前辈好!我准备做BRCA基因突变的研究,由于两个基因都很大,外显子有40多个,因此直接测序的成本很高,所以想先进行一下筛选再测序。

不知哪种方法比较好?原先考虑DHPLC应当不错,但是好像也要20元/片段,这样也太贵了。请问是不是RT-PCR也可以?价钱也比较便宜么?

小女子实在菜鸟,多谢各位帮忙了!
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HOT兔[使用道具]
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回复 #23 麻瓜 的帖子

rt-pcr也很贵
以前BRCA1 BRCA2我都测过
中国人里面突变率不高不到5%
如果你要清楚的了解,除了测序没什么好办法
还有就是高频点很少,所以你筛选也很困难
至于技术上 现有的筛选还是DHPLC最好~~~~~~·
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天蓝蓝[使用道具]
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我大概是想做300例患者,300例对照,2个基因上的5个位点。

请问现在我这样的标本数是不是偏少了?我查了国外文献很多做到了患者和对照各5000,国内很多也是1000-1500

我这样的实验,用什么方法检测比较好呢?我是临床的,实验方面很弱,以前做过realtime pcr和抽RNA和扩增质粒,其他就不知道做了。

像我这种情况,如果是自己动手做,选用什么方法比较好呢?花费大概多少?

如果给公司做,一般用什么方法呢?价格呢?
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天蓝蓝[使用道具]
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另外

我看了论坛以前的帖子,意思是化疗不影响SNPs,

所以受过治疗后的肿瘤病人可以抽血检查SNPs,

但是很多文献都是选用的病理诊断明确后,还没有开始化疗的病人的血液标本。。

请问我能否用大部分已经接受过治疗的患者和少数初治患者的标本一起分析SNP,然后做肿瘤易感的分析呢?  
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格格巫[使用道具]
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回复 #25 天蓝蓝 的帖子

现在有很多种方法可以做snp
比较便宜的是用酶切,但是要位点合适能够刚好设计成为酶切位点检测,另外就是酶也不要太贵,这样的话用该方法很有优势
也可以用realtimePCR,但是探针设计合成比较贵 而且周期长
再者就是用测序、质谱仪做了
测序又有不同的方法
呵呵 说的有点笼统
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@木木@[使用道具]
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回复 #26 天蓝蓝 的帖子

要看什么疾病,你们的分组是不是科学
小样本的我们也得到过好的结果
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小米虫子[使用道具]
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你好,请教一个问题:我要做一个基因的一个SNP,这个SNP在多篇文献上报道过的,但是发现在NCBI上没有该SNP,怎么回事?
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王六六[使用道具]
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楼主,问个弱智点的问题。
我对PCR片段进行反向测序,得到的结果,位点为T,那我做统计的时候,应该用A还是用T?  
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