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标题:引物设计重点考虑因素、设计技巧及引物设计软件推荐

阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-8-12 10:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
urbest总结的不错！
Degeneracy 多译为“兼并性”

补充几点：
1、除了上面的因素还要考虑产物的自由能或待扩区域的自由能，通过引物退火温度同产物退火温度的差值来衡量，20度左右就可以。
2、要保证足够的长度，这是引物设计的首要原则，只有足够长度才能保证引物的特异性，25个左右。可以blast检验引物的特异性。
3、多重引物的设计关键是两点：1、引物间尽量无聚体形成，特别是头部。2、引物间长度不能相差太大，但应能分开在跑胶时，100－200bp左右。才能保证扩增效率的接近。
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阿福[使用道具]
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发表于 2011-8-12 10:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我感觉Primer Premier 5.0这个软件设计的引物一般,OLIGA没用过,不敢妄下评论,推荐大家使用在线的引物设计网站,prime 3,这个里面设计的不错， 我做realtime引物设计的时候用Primer Premier 5.0设计了好几对都不能用(有杂带,可能是我RNA里面有基因组的污染),用prime 3设计了一对却很好，至少是没有杂带,一家之言~~
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发表于 2011-8-12 10:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用primer5设计出来的引物（必要时更改个别碱基）对于常规PCR一般是没有问题的，我和我舍友做常规PCR的时候，都是用Primer5设计的，跑出来的条带都很漂亮，并且没有杂带。目前为止，我还没有跑过很很复杂的PCR，所以如果PCR对引物要求很高的话，Primer5的设计是不是合适，我真不敢说了。但我想，根据最基本的原理，我们尽量多考虑几个方面，设计起来问题应该也不大。

顺便说一下，我认为减少错配最简单有效的办法就是把引物长度适当延长，当然不能过长，呵呵。
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米米[使用道具]
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发表于 2011-8-12 10:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问楼主我要设计基因芯片的探针〔60bp左右〕，那种免费的软件会比较好呢？请楼主多多指教！
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发表于 2011-8-12 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
刚上来引物设计的关键是不是把软件摸清楚？
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发表于 2011-8-12 10:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
再请教楼主一个弱智问题，在OLIGO6中，进行错误效率分析，如下图所示，哪个数值表示正确引发效率，哪个数值表示错误引发效率啊？


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发表于 2011-8-12 10:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问楼主，我的引物进行BLAST之后，发现跟很多序列的query coverage都是100%，当然这里面也有我的目的基因，这个对我的PCR产物影响大吗？
将引物跟我的目的基因序列比对之后，有一些错配，就是我的引物长度是16个碱基，产物长度是367个碱基，然后错配最高的有8个碱基，而且两个引物的3末端都有错配，但用OLIGO分析引物的其他条件都很好。这个引物可以用吗？
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发表于 2011-8-12 11:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问LZ，ΔG高低是怎么定义的？我的意思是假如ΔG有三个数值：-8，-7，-6，这个三个数值里面，ΔG最高的是-8吗？谢谢！
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发表于 2011-8-12 11:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
新手设计引物，发现高Range的文献报道的引物，很多都不符合我们所说的引物设计原则。。。现在是有关的引物设计的看得越来越多越来越糊涂了。。。
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假小子[使用道具]
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发表于 2011-8-12 11:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好：
我想请问一下，引物和产物之间的Tm差值有什么要求吗？我从书上看到说不能相差20度。可我用Primer Premier设计出来的引物，上下游之间Tm差值很小，但引物和产物之间相差30多度，我设计的好几个基因的引物全都这样，这是怎么回事？怎么解决呢？
我做的是qPCR,只想看一下基因表达的变化。
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