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标题:做完荧光定量后如何统计数据【转自 丁香园论坛】

微笑的海豚[使用道具]
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我用双标准曲线法做的相对定量,之后应该如何统计呢???
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椰子叶子[使用道具]
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呵呵,在百度或者GOOGLE上打入:2的*次方,自动出结果,(*^__^*)
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胖小妮子[使用道具]
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我最近在做Real-time PCR 相对定量基因表达,我用的是AppliedBiosystem 公司的机器和软件,我有一个问题想请教您一下:
比如我做不同时间点 0h, 3h,6h, 24h 的某个基因表达量的相对变化,也就是说以0h为calibritor, 3h,6h, 24h 相对0h 的变化量。一般每个时间点设三个重复,但是三个重复的样品的值不可能是完全一样的,有时候差异还很大,在分析时是选 0h-1, 0h-2, 0h-3 三个样品中的一个作为calibritor , 也就是设它的值为1,其它两个的值可能大于1 也可能小于1 ,假设0h-2为 0.7 ,0h-3为1.2, 那么,如果我选0h-2 为calibritor , 也就是设它的值为1,那么实际上其它所有样品的相对值都升高了,同样,如果选0h-3 为calibritor , 也就是设它的值为1,那么实际上其它所有样品的相对值都降低了。那么我的问题是到底选哪个作为calibritor 呢。多谢了!
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爱哭鬼[使用道具]
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3个里面剔掉一个差的最远的,剩下的2个取平均值。
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许愿精灵[使用道具]
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看了上面的帖子,受益匪浅,我还想再问一句:用2-△△Ct处理数据,最后用什么方法进行统计学分析?若癌和癌旁配对的两组数据,癌旁为1,癌中表达量为癌旁的2-△△Ct倍,可以进行计量资料的t检验吗?
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果冻也酸[使用道具]
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②2-△Ct法应用举例:测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化

假设扩增效率(E=10-1/斜率)为2(即每个循环模板量翻倍)
比率(处理后/处理前)=2 - Ct(处理后)-Ct(处理前)
=2 - △Ct=2 - (16-18)=4
所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高4倍
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QUOTE:
原帖由 果冻也酸 于 2011-8-12 17:12 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
②2-△Ct法应用举例:测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化

假设扩增效率(E=10-1/斜率)为2(即每个循环模板量翻倍)
比率(处理后/处理前)=2 - Ct(处理后)-Ct(处理前)
=2 - △Ct=2 - (16-18)=4
所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高4倍
...

这里的:比率(处理后/处理前)=2 - Ct(处理后)-Ct(处理前)
似乎应为:比率(处理后/处理前)=2 - Ct(处理后)+Ct(处理前),否则就不是△Ct了,而是 减去Ct(处理后)与Ct(处理前)之和了
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细水长流[使用道具]
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我觉得这个讨论贴严重跑题,重点应该是讨论数据得到后,如何通过分析数据,得到结论性的东西,比如有什么样的差异或意义,这才是我关心的,我项也是多数人关心的,至于detaT,机器软件的算法一般都ok的啦。
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小荷尖尖[使用道具]
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各位老师,我想请教一下,我也是做相对定量,每组数据重复做了三次,但是三次出来的扩增曲线的荧光阈值不相同,在处理是是不是应该先统一阈值,这样的话,CT值也会随着变化,那么,新的CT值之间的相关性会不会变呢,会不会严重影响实验结果。不过,如果不统一阈值而直接用三次的CT值进行计算品均值的话,数据是否成立或者可靠。这样的情况我该怎样处理呢?谢谢
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明天的明天[使用道具]
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请问高人:只做一条曲线行吗?单作内参的曲线,根据内参标准曲线斜率计算目的基因的拷贝数,再与内参相比得出相对表达量?
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