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标题:【转帖】电泳图的Marker阅读要点

一叶[使用道具]
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【转帖】电泳图的Marker阅读要点


最近在做PCR试验,发现要了解的东西太多了,很多非常基础的常识性的知识都很容易出问题,最近就出现电泳图中的Marker问题,一起做试验的前辈教我从最后一条开始数,最后一条为11,代表72bp,前面再类推。按此方法比较一直以为自己没跑出所需条带,降低条件反复跑。
然后坐下来总结经验,终于我认识到可能是Marker的阅读问题,并且在试验中我试着用不同的电泳时间看结果,发现有时候条带总共是10条,有时候是9条。我意识到按照最后一条条带来定位是不准确的。并上网查看Marker说明,发现不同的Marker说明表格显示有的总共11条,有的总共13条。但是在对照图片上可以发现最后的11号或13号甚至12号条带往往光有数据而不显示条带,这说明最后1条条带甚至倒数第二条条带是很难显示的。有时它们在同一个条带上标记两个数据,这是因为如果电泳时间或胶的浓度影响,有时无法分辨为两条。因此,我可以确信,用Marker比较一定要从起始端开始数,而不能根据最末一个条带来定位。拿到足够的证据,同已经做了1年多试验,就要发表文章的前辈讨论,但他仍然坚持自己的看法,说是老师教他的。终于我将这个情况跟技术员及老板讨论,最终获得认同。这样看来,这个问题也不简单。
我曾搜索本站寻求帮助,但无法获得有用的信息。可能大家认为这个问题太简单了,现在发这个帖子希望对初学者有帮助,因为它曾让我这个初学者走弯路。发帖加分受到鼓励,因此再花时间分享心得。
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summerxx[使用道具]
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同意你的观点,有的时候最后一条带是看不见的那
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黄花菜[使用道具]
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是应该从大条带端开始数,原因有二:
1. 小条带跑得快,时间长了可能会跑出胶,所以电泳时要注意好时间;
2. 在电泳过程中EB是向阴极端运动,所以跑到凝胶下缘的条带染色很弱甚至不染色,也会看不到!必要时建议灌制长胶。
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vtongli[使用道具]
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marker中的小条带分子量较小,跑的时间长了容易弥散而导致看不清楚
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toy[使用道具]
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同意上面的说法,最近也在跑电泳,我每次也是从最下面数的,上面的条带有时候颜色很浅看不出来!
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bring[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 toy 于 2015-7-1 15:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
同意上面的说法,最近也在跑电泳,我每次也是从最下面数的,上面的条带有时候颜色很浅看不出来!

正解。
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dog002[使用道具]
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另外还有一些商用Marker,有一个条带亮度超过其他条带(比如为其他的两倍),比较容易分辨,也可以帮助定位!
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eor[使用道具]
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是啊,最小的一条带肯定不能作为判断的依据,电泳液的新旧,时间长短和电流大小往往会造成最小的一条带减弱,从而导致判断失误。
现在很多marker中间位置一般都会有一条较亮的带,可能是400,500,或者600,这个要看说明书。而且很多marker都会有浓度,可能作为相对EB就会使整块胶的背景一致,使小的条带也无处遁形。呵呵。
其实,任何简单的实验都不能忽视说明书,而想当然去做。
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ha111[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 黄花菜 于 2015-7-1 15:54 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

是应该从大条带端开始数,原因有二:
1. 小条带跑得快,时间长了可能会跑出胶,所以电泳时要注意好时间;
2. 在电泳过程中EB是向阴极端运动,所以跑到凝胶下缘的条带染色很弱甚至不染色,也会看不到!必要时建议灌制长胶。 ...

这种说法欠妥,在很多情况下,许多较大的条带都没跑开,特别是目的基因较小的时候,往往不会跑很长时间。因此,Marker的判断需要根据胶浓度、电泳时间等综合判断,一般来说从小条带开始数是合理的,当然,前提是不要跑过,因此,可以在电泳跑了一半时查看一下。另外,需要结合中间位置的某几条特征条带(这几条带的亮度和分布间距都是很容易判断的),这样基本上不会出错。
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8s5g[使用道具]
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我最近刚刚开始遗传科室的科研实习,正在做SDS-PAGE和琼脂糖凝胶电泳,前辈们的讲解很受益呀,学习了~~
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