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标题:【求助】融合PCR

zhenxin[使用道具]
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相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征
线粒体大侠,我的引物是这么设计的:A基因:
上游与开放阅读框起始密码子附近的序列相对应,并在5 ’末端添加酶切位点和3个保护碱基;下游与B基因终止密码子附近的序列及A基因5’末端起始密码子附近的序列互补,并去除A基因的终止密码子TAA
上游:5’ CCCAAGCTT ACCATGGATGTCGTCGAGCAGC 3’ 31
下游:5’ GTAGCCGACCGCCATAATGGAAGC GATGGTCTTCTGCTTCTTGGG 3’ 45
B基因:
上游与A基因终止密码子附近的序列及B基因5 ’端起始密码子附近的序列相对应,同样去除A基因终止密码子TAA;下游与B基因的开放阅读框终止密码子序列互补,并在5’末端添加酶切位点和2个保护碱基。
上游:5’ CCCAAGAAGCAGAAGACCATCGCTTCC ATTATGGCGGTCGGCTAC 3’ 45
下游 5’GCTCTAGA TCAGGCAGCGCGCTGC 3’ 24
每条引物空格前为酶切位点和保护碱基或用于融合的互补区,其中互补区最后六个为引入的接头,其余前面的为B头或A尾的互补序列(上面文字中的说明).第二论PCR我采用的条件为:94度4min,94度1min,55度1min,72度2min,5个循环,然后94度1min,65度1min,72度2min,28个循环,72度10min.
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remonte[使用道具]
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这是我第二轮PCR做出来的电泳图


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点样孔在下,跑得最慢的那条是我想要的,其上一条弱带,以及最前面那条很亮的都不是目的条带,请问我该如何优化条件而获得特异性强的目的条带?
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JK.jon[使用道具]
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1."5个循环" 先提高到十个看看,然后取出1ul做模板加引物再跑一次PCR。
2. 把你要的那个条带切下来,然后设计一对引物再扩。该对引物要从你原先的引物位点后开始。因为你的目的条带比较模糊,不要用原来的引物,否则会扩出一片带出来。
3.优化退火温度,如果没有梯度PCR很麻烦。你不要把退火温度调这么高,先从55度试,然后1-2度梯加。
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xevin[使用道具]
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您好,很感谢您提供的双酶切信息,我查过你们的网站,但我还就是有点担心 酶切效果,因为我后面要进行连接,总担心共用BUFFER会影响效果,不知道是否该提高酶切时间呢?
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xevin[使用道具]
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大侠您好,很感谢您的帮助,我其实很不想做酵母,因为我们实验室做酵母都没有成功过,而且酵母很麻烦,我担心。但是我不知道我的蛋白应该在酵母里面还是在大肠里面表达,您看,我的基因总共有2300BP左右,在大肠里面是不是不大可能表达?另外,我选用的BamhI这个位点是为了将我的两个片段连上,因为我用PCR的方法始终融合不上,所以我就在LINKER后用酶切位点相连。连上后就不用那个位点了。你看......
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xevin[使用道具]
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我现在有三个问题,自己解决不了:
1. 我不知道自己的蛋白在大肠还是酵母里面表达比较好,酵母好麻烦。
2. 有谁能告诉我血清白蛋白(我用的狗血清白蛋白)的结构,功能区域吗?我想取白蛋白的某一部分和我的基因融合,从而提高我的蛋白作用,但我不知道取哪一段,甚至不知道哪里去查资料....
3. 关于酵母表达,我用PPIC9K ,需要注意些什么吗?
我的问题有点初级,如果有什么没有写清楚,望大家提出,希望能得到大家的帮助.....
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很感谢您提供的双酶切信息,我查过你们的网站,但我还就是有点担心 酶切效果,因为我后面要进行连接,总担心共用BUFFER会影响效果,不知道是否该提高酶切时间呢?
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zhezhe[使用道具]
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很感谢您的帮助,我其实很不想做酵母,因为我们实验室做酵母都没有成功过,而且酵母很麻烦,我担心。但是我不知道我的蛋白应该在酵母里面还是在大肠里面表达,您看,我的基因总共有2300BP左右,在大肠里面是不是不大可能表达?另外,我选用的BamhI这个位点是为了将我的两个片段连上,因为我用PCR的方法始终融合不上,所以我就在LINKER后用酶切位点相连。连上后就不用那个位点了。你看......
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zhezhe[使用道具]
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我现在有三个问题,自己解决不了:
1. 我不知道自己的蛋白在大肠还是酵母里面表达比较好,酵母好麻烦。
2. 有谁能告诉我血清白蛋白(我用的狗血清白蛋白)的结构,功能区域吗?我想取白蛋白的某一部分和我的基因融合,从而提高我的蛋白作用,但我不知道取哪一段,甚至不知道哪里去查资料....
3. 关于酵母表达,我用PPIC9K ,需要注意些什么吗?
我的问题有点初级,如果有什么没有写清楚,望大家提出,希望能得到大家的帮助.....
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