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标题:【求助】荧光基团和淬灭基团的选择

xiaoxiaoniao[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】荧光基团和淬灭基团的选择

各位大虾，帮个忙，在荧光基团和淬灭基团的选择上出现了疑惑：
常见的荧光基团：FAM、HEX、 TET
常见的淬灭基团：TAMRA，BHQ
1）如果机器上以上荧光基团均可选，那么如何选择荧光基团？
2）淬灭基团的选择是不是和机器无关，还有，是不是任选一种均可，只要达到淬灭的作用？
请大家帮帮忙，急哦！
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veiwu[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
淬灭基团BHQ比TAMRA效果要好，因为BHQ本身不产生荧光，所有荧光背景低，灵敏行就高，相反，TAMRA本身会产生荧光，背景就高，灵敏性相对差些
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jude[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MGB作淬灭基团可以将探针的Tm值提高10℃左右，提高配对与非配对模板间的Tm值差异；由于探针3‘端的Quencher基因为不发光的荧光基团，并且与Report基团的空间位置更接近，可以使实验的结果更精确，分辩率更高；实验优化，步骤简单，重复性大大提高。用这种探针可以降低本底，且酶切更简单易行，因此实验的重复性和准确度得以大大提高。
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okhaha[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
除了楼上所说的MGB探针的优点外，MGB探针比普通Taqman探针更短，一般为10到15bp（Taqman探针一般为25-35bp），探针特异性更高，可区分模板一个碱基的差异，模板只有一个碱基的差别探针就不能与之杂交。但MGB探针价格比普通Taqman探针（TAMRA为淬灭基团）贵很多，所以一般MGB探针多用于SNP分型以及已知点突变野生型、突变型和杂合子的检测。而一般情况下的定量实验还是采用TAMRA多一些。
荧光基团的选择：在ABI7900HT系统可识别已经校正的8种荧光基团：FAM、TET、JOE、NED、VIC、ROX、TAMRA、SYRBGeen1，其中ROX为系统参比荧光，TAMRA为淬灭荧光，SYRBGeen1与Taqman定量理论不同，是非特异性的。所以还可以采用前五种荧光作为报告基团，最常用的是FAM，也最为便宜，如果仅需一种报告基团采用FAM就可以了，如果还需要另外一种荧光基团，则需考虑两者的光谱是否有重叠，重叠越少越好，ABI7900HT中给出了这八种荧光的光谱的峰，峰值离的越远效果越好。一般一种用FAM的话另一种常采用VIC或TET，国内能够合成VIC荧光的不多，有可以合成TET的。HEX是国内公司常采用的荧光标记，但ABI7900HT系统该荧光没有经过校正，所以不建议采用。
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发表于 2015-7-3 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
罗氏的real-time不是很了解，不知楼主用的是ABI的还是罗氏的定量PCR仪。
我用的是ABI7900HT的，用的就是TAMRA为淬灭基团的普通Taqman探针，用的是FAM和TET两种荧光报告基团。
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xue258[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

MGB探针要优于TAMRA探针，但是价格较贵。如果国内公司合成，一般是后者的2倍。
5'标记的国内公司一般以FAM和VIC以及Cy5较多。（Cy5要将近3000-4000y)
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xiaoxiaoniao[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
多谢各位指教，收获多多！
我用的是ABI7500，
我定购了FAM－TAMRA探针！
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问，这个ROX具体是啥名字？翻译为？
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xyw5[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问，这个ROX具体是啥名字？翻译为

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5（6）-羧基-X-罗丹明琥珀酰亚胺酯

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6-羧基-X-罗丹明琥珀酰亚胺酯
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yayya[使用道具]
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发表于 2015-7-3 10:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问ABI stepOne plus上都可以用哪些基团啊？
机器上显示的可以用的报告基因是：FAM,JOE,NED,ROX,VIC;淬灭基团是：TAMRA,noe,NFQ-MGB
我能不能用TET-BHQ1或HEX-BHQ1啊
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