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标题:我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]

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我们可以改两个地方,第一,Optimum primer length: Minimum length: Maximum length:中,我们可以将Maximum length改成一个更大的值,例如35;Minimum GC改成20,然后submit,
可是我们发现还是有问题。


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这一次的原因是引物自己配对的问题,同样我们回到前一页,这次我们把Self End Anneal由原来的12改成16,submit。这样我们就得到了新的引物。


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就这样,有时默认值不行的,可以微调一样,便很容易得到比较理想的引物。我用了那么久,几乎从来没有问题。大家可以随时点击【info】选项,进一步深入了解每个选项的意思。
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参数改了好多还是不行,要不你再帮我看看,谢谢了,呵呵
1 ggatccccgg gcagagctgg ggggggattt gttagcatct cttgataaac ttaattgtct
61 ctcgtcactg acggcacaga gctattgatg ggtctcaacc cccagctagt tgtcatcctg
121 ctcttctttc tcgaatgtac caggagccat atccacggat gcgacaaaaa tcacttgaga
181 gagatcatcg gcattttgaa cgaggtcaca ggagaaggga cgccatgcac ggagatggat
241 gtgccaaacg tcctcacagc aacgaagaac accacagaga gtgagctcgt ctgtagggct
301 tccaaggtgc ttcgcatatt ttatttaaaa catgggaaaa ctccatgctt gaagaagaac
361 tctagtgttc tcatggagct gcagagactc tttcgggctt ttcgatgcct ggattcatcg
421 ataagctgca ccatgaatga gtccaagtcc acatcactga aagacttcct ggaaagccta
481 aagagcatca tgcaaatgga ttactcgtag tactgagcca ccatgcttta acttatgaat
541 ttttaatggt tttattttaa tatttatata tttataattc ataaaataaa atatttgtat
601 aatgt
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看了结果你知道为什么你的引物为什么这么难以设计了,因为N端和C端的性质差别太大,属于极品的那种呵呵。


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很多时候虽然它给出的结果看上去并不是那么好,但是用起来还是没有问题的。你试试我给你设计的这个吧。
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N端和C端的差别怎么看,参数怎样修改才好,不会每个都试一下吧,你怎么修改的参数,另外我设计出来的怎么都是上千的大片段,怎么改成几百的,我还有一个基因,可能也是极品,自己设计了两对,摸了n多的条件,到现在也没扩出来,多谢了,再帮帮忙,好人做到底了。呵呵
gATAGCTGCC ATCGGCTGAC CTAGAGAAGA CACATCAGCT GATCCTTTGG 50
ACCCTCTGAC TTGAGACAGA AGTTCTGGGC TTCTCCTCCT GCGGCCTAGC 100
TCTGAGACAA TGAACGCTAC ACACTGCATC TTGGCTTTGC AGCTCTTCCT 150
CATGGCTGTT TCTGGCTGTT ACTGCCACGG CACAGTCATT GAAAGCCTAG 200
AAAGTCTGAA TAACTATTTT AACTCAAGTG GCATAGATGT GGAAGAAAAG 250
AGTCTCTTCT TGGATATCTG GAGGAACTGG CAAAAGGATG GTGACATGAA 300
AATCCTGCAG AGCCAGATTA TCTCTTTCTA CCTCAGACTC TTTGAAGTCT 350
TGAAAGACAA TCAGGCCATC AGCAACAACA TAAGCGTCAT TGAATCACAC 400
CTGATTACTA CCTTCTTCAG CAACAGCAAG GCGAAAAAGG ATGCATTCAT 450
GAGTATTGCC AAGTTTGAGG TCAACAACCC ACAGGTCCAG CGCCAAGCAT 500
TCAATGAGCT CATCCGAGTG GTCCACCAGC TGTTGCCGGA ATCCAGCCTC 550
AGGAAGCGGA AAAGGAGTCG CTGCTGATTC GGGGTGGGGA AGAGATTGTC 600
CCAATAAGAA TAATTCTGCC AGCACTATTT GAATTTTTAA ATCTAAACCT 650
ATTTATTAAT ATTTAAAACT ATTTATATGG AGAATCTATT TTAGATGCAT 700
CAACCAAAGA AGTATTTATA GTAACAACTT ATATGTGATA AGAGTGAATT 750
CCTATTAATA TATGTGTTAT TTATAATTTC TGTCTCCTCA ACTATTTCTC 800
TTTGACCAAT TAATTATTCT TTCTGACTAA TTAGCCAAGA CTGTGATTGC 850
GGGGTTGTAT CTGGGGGTGG GGGACAGCCA AGCGGCTGAC TGAACTCAGA 900
TTGTAGCTTG TACCTTTACT TCACTGACCA ATAAGAAACA TTCAGAGCTG 950
CAGTGACCCC GGGAGGTGCT GCTGATGGGA GGAGATGTCT ACACTCCGGG 1000
CCAGCGCTTT AACAGCAGGC CAGACAGCAC TCGAATGaGT CAGGTAGTAA 1050
CAGGCTGTCC CTGAAAGAAA GCAGTGTCTC AAGAGACTTG ACACCTGGTG 1100
CTTCCCTATA CAGCTGAAAA CTGTGACTAC ACCCGAATGA CAAATAACTC 1150
GCTCATTTAT AGTTTATCAC TGTCTAATTG CATATGAATA AAGTATACCT 1200
TTGCAACC
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自己搞了几个,好像要把整个都扩出来,太大了吧,不知道这样出来的引物行不行,条件放的太宽吧
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1你怎么修改的参数?
根据结果里面,哪一项不符合,然后适当的把条件放宽。
2都是上千的大片段,怎么改成几百的?
我看不懂引物长度是有限制的啊
3还有一个基因,可能也是极品
授人以鱼,不如授人以渔,对不对?
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这个非常好设计啊,把tm稍微降低就可以了啊,而且肯定也不会影响效率的啊


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