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标题:我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-13 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主你好！我想问一下，这个软件是不是只能设计已知片段的引物？但在许多情况下，我们所扩增的都是未知的片段，所以如果是设计未知片段的引物，有什么比较好的软件吗？
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小鼹鼠[使用道具]
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发表于 2011-8-13 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1 tgcgttcgcg ggacccacgg gctcgcccca gcctacactc cgactgtttg ccacctcctc
61 ctgcctcctc ccctcccttc cccgccctcc agtacacttg atcactgaag cttcgagctg
121 cgcggccggg gcgtccctgc gcctctctcc ccaagacctg cgcgctcttg cggctcggac
181 ggtcgctcgc ctggctctac tccacttggc cgtctctgtg tgcagtcgca gaacttcgaa
241 gtggggtttg cgctgcggca ggggcgtttc gcttttgttt ggttttgttg tttatttcat
301 ttcatttttt ttttttttcg gagagaggcg aggcggtggt ccacacccgc ccggggagga
361 agatgtcaaa cgtgagagtg tctaacggga gcccgagcct ggagcggatg gacgccagac
421 aaaccgagca ccccaagcct tccgcctgca gaaacctctt cggcccggtc aatcatgaag
481 aactaacccg ggacttggag aagcactgcc gagatatgga agaagcgagc cagcgcaagt
541 ggaatttcga ctttcagaat cataagcccc tggagggcag atacgagtgg caggaggtgg
601 agaggggcag cttgcccgag ttctactaca gacccccgcg cccccccaag agcgcctgca
661 aggtgccggc gcaggagagc ttggatgtca gcgggagccg ccaggcggtg ccttcaattg
721 ggtctcaggc aaactctgag gaccggcatt tggtggacca aatgcctgac tcgtcagaca
781 gtccggctgg gttagcggag cagtgtccag ggatgaggaa gcgacctgcg gcagaagatt
841 cttcttcgca aaacaaaagg gccagcagaa cagaagaaaa tgtttcagac ggttccccga
901 atgctggcac tgtggagcag acgcccaaga agcccggcct tcgacgccag acgtaaacag
961 ctccgaatta agaataattc cttgtttatt agatacatca ctgctttatg aagcaaggaa
1021 gacatacatg aaaaaaa

还得麻烦版主帮我设计引物，以上是原文序列！  
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• 《丁香园-医园》（普及版）（第十五期8月10日发布）  

xihsxsqq


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丁当
加关注  2007-03-17 19:15 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？复制网址
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1 cccaggttcc ggctcctctg ccccgcggct acaaacccca ccgcggagga agttggttga
61 acttgctttc cgctgcgggt acgaaggtat cgtcacaagt agcagcatca tgtcgactgg
121 ggacagtttt gagactcggt ttgaaaaaat cgacaacctg ctgcgggatc ccaaatcgga
181 agtgaattca gattgtttgc tggatggatt ggatgctttg gtttatgatt tggattttcc
241 tgccttaaga aaaaacaaaa atattgacaa ctttctaagc agatataaag acacaataaa
301 taaaattaga gatttacgga tgaaagctga agattatgaa gtagtaaagg taatcggcag
361 aggtgcattt ggagaagttc aattggtaag gcataaatcc accaggaagg tttatgctat
421 gaagcttctc agcaaatttg aaatgattaa gagatctgat tctgcttttt tctgggaaga
481 aagggacatc atggcatttg ccaatagtcc ttgggttgtt cagctttttt atgcattcca
541 agatgaccga tatctctata tggtgatgga gtacatgcct ggtggagacc ttgtaaacct
601 gatgagcaac tacgatgtgc ctgaaaagtg ggcacgattc tatactgcag aagtagttct
661 cgcattggat gcratccatt ccatgggttt tattcataga gatgtgaagc ctgacaacat
721 gctgctggat aagtctggac atttgaagtt agccgacttt ggtacttgta tgaagatgaa
781 taaggaaggt atggtacgat gtgatacagc agttggaaca cctgattata tttcacctga
841 agtattaaaa tcacaaggcg gtgatggcta ttatggacga gagtgtgact ggtggtcagt
901 tggtgtattt ttatatgaaa tgcttgtagg tgatacacct ttttatgcag attctttggt
961 tgggacgtac agtaaaatta tgaaccataa aaattcactt actttccctg atgataatga
1021 catatcaaaa gaggcgaaaa atctcatttg tgccttcctt acggacagag aagtgagatt
1081 gggcagaaat ggtgtagagg aaatcaaacg tcatctcttc ttcaaaaatg atcagtgggc
1141 ttgggaaacg ctccgagaca ctgtagcacc agttgtgcct gatttaagta gtgacattga
1201 tactagtaat tttgatgact tagaagaaga taaaggagat gaagaaacat ttcctattcc
1261 aaaagctttt gttggcaatc agctaccttt tgtaggattt acatattata gcaatcgtag
帮朋友的忙，要我发帖，请版主帮忙设计一下引物，谢谢！  
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发表于 2011-8-13 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
LZ你好，我的问题就更麻烦了，我需要的DNA序列只能从已知的蛋白质序列经逆翻译得到，然后还要设计引物，作PCR。有人给我提供了一个软件cuturl('http://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html')，可以直接翻译蛋白质序列，但得到的DNA序列设计引物时总是出错。LZ能帮我一下吗？

这是鸵鸟的一种蛋白质序列：
APGNKAECEREKGYCGFLKCSFPFVVSGKCSRFFFCCKNIW
请帮我翻译一下，再帮忙设计个引物，十分感谢！
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发表于 2011-8-13 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问上下游引物的Tm值和GC含量相差很多没关系吗
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发表于 2011-8-13 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想还是不要相差太大吧，因为本身这条链就不是很厂，我怕到时候扩不出来，谢谢帮助！
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发表于 2011-8-13 17:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MS不适用于扩基因组的
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发表于 2011-8-13 17:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我改了很多设置,结果都是
"The parameters given did not yield any valid primer pairs."
我就不知道是哪出问题了,请教高手们帮忙看一下行吗?
片段序列如下:
1 agtcccctct aaacacgggg gatgtcggac tgtctggctg gaagacagag cttcatttag
61 gagctacctc taaccccctc cctgctgagt gccctggggc ccttgctggt tcagcttcct
121 ccctcctcat gaaaagactc gccatgagct ctcagagcct gggacaaaag gcaccgggga
181 ggacccccag cccctatcaa gtcctgctgc caggtgttct gccctgaacg gccttggaga
241 agagaacaca catccatcat cttctacctt gggaggtgga agcgggggtc ctctctacac
301 agcagtcagg accccagatg gtaaagccct tcacgccatc tgctgggctc ctacctgagc
361 aagctcagag gcacatgaga aggggaggca gctgcctgga gaccctctct cccccaggcc
421 cacctgtctg caacccagct gaggccatgc cctccccagg gaccgtctgc agcctcctgc
481 tcctcggcat gctctggctg gacttggcca tggcaggctc cagcttcctg agccctgaac
541 accagagagt ccag
拜托了!
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 小中大
楼主您好，我用了您提供的方法，所能改的参数都试了，可是没有引物。楼主我想做表达，您能帮我在开放框两端设计一对引物吗？我用PRIMER5，OLIGO6设计了多对引物去做了3个月，还是P不出来，急急！！！
GAGGCCGGGCAGGGGGCGGGGCCGGCGAATGCCCGTCCCGACCCGTCGCGCCTCCCCTGTTAGCTCCCTGCCAGCCGAGGCGGGGCGAACCTCTGCCCTGTTGCGTGGGAGTGACTCACAGCTCCCGCCCCTTTTGGCTCCGCTTTCTCGCGGCCAGTCCCTCGCACCACGTGCCCTCCTGGCCGCGCCCCCAGCTGCCCTTTCCAACTGCCTGTTGGAAGCCGCTGTAAAACGTCGTGAGGAGCGCCGCTGCTTTACGGCTGCCTCTCCCAGACTAGAGCCCCGGAGCGCCCACCGCCGTCAGCCGCGTCTTCAAGCTAGTCGGCCCCGCGGAGAGCGAGAGACCCTGCGCACCGCAGCCCTCTCCGCTGCGCCCATTCCTGCCGCCGGCGATGTAACTCGGGGAGGCAGCGGTGCCCGCTGGCCCGGGGTTGAGACAGGCGGCAGGTGCCTGTGAGGCGGGCGGGTGCCGGGGGCCAGCAGG（起始密码子）ATGGAGGAAAGCATGGAAGAGGAGGAGGGGGGCAGCTACGAGGCGATGATGGACGACCAGAACCACAACAACTGGGAGGCTGCGGTGGACGGCTTCCGGCAGCCCCTGCCACCTCCGCCGCCCCCCTCGTCGATCCCGGCCCCTGCCCGAGAGCCTCCGGGGGGGCAGCTGCTGGCGGTGCCCGCGGTCTCCGTGGACAGGAAAGGCCCCAAGGAGGGGCTCCCGATGGGGCCGCAGCCACCGCCGGAGGCTAATGGGGTGATCATGATGTTGAAGAGCTGCGACGCGGCCGCCGCCGTGGCCAAGGCGGCCCCCGCCCCCACCGCCAGCTCCACCATCAACATCAACACCTCCACCTCCAAGTTCTTAATGAATGTTATAACTATTGAAGATTATAAGAGCACATACTGGCCAAAATTGGATGGTGCCATAGATCAACTTTTAACTCAGAGTCCTGGTGACTATATCCCCATATCCTATGAACAGATATACAGTTGTGTGTATAAATGTGTATGCCAGCAGCACTCGGAACAGATGTATAGTGATCTGATTAAAAAGATAACTAATCACTTAGAGAGAGTCTCAAAGGAGCTGCAGGCCAGCCCTCCAGATCTCTATATTGAAAGATTTAATATAGCTCTTGGACAATATATGGGAGCATTGCAGAGCATTGTGCCTCTTTTCATATATATGAATAAGTTTTACATCGAAACCAAGCTTAACAGAGACTTAAAAGATGACCTTATAAAGCTGTTTACGGAACATGTTGCAGAAAAGCACATTTACAGCCTAATGCCTTTACTTTTAGAAGCCCAGTCAACACCATTTCAGGTCACACCTTCAACTATGGCAAATATTGTGAAAGGCCTGTATACCCTCAGACCAGTAGTGGGTTCAGATGGCTCCAACTCTATTTTCTAA(终止密码子)ATTTATTCCAAACATTCTCCCTCCGGCGGTGGAATCTGAACTTTCTGAATATGCTGCTCAAGATCAGAAATTTCAAAGAGAACTTATACAGAATGGTTTTACAAGGGGTGACCAGTCCCGGAAGAGAGCTGGGGATGAGTTGGCTTATAATAGCTCGTCAGCATGTGCAAGTTCCAGGGGGTACAGATAGTGAATGTATTGAATATGCTTTCCTTCCTGAAAAGAGGACACACTGGAGCTGCAGAGACTGTATTCAGAGCACAGTGGGGGCTGCACACACTCAGGAGCTCTGTCACAAAGCTGTTCATGGAAGAGGATGTTGGACTTCTTACTTGGTTTGTAATTTTAAAACAAAAACTAAAAAAAAAAAAAAC
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发表于 2011-8-13 17:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
恩，我试用了一下，果然很好用，但是真正结果还不知道，等扩出来就知道了
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 小中大
楼主，您好，看了你的介绍很受用，自己也学着设计了一下，请问，为什么我设计的几对引物扩出来的长度都是1170bp?是不是可以自己设定呢? 我想扩全长怎么弄呢?请赐教,谢谢!
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