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标题:我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]

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发表于 2011-8-13 17:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主:
把cDNA全长放进去检索,行吗? 怎么总是说GC含量太低呀?
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发表于 2011-8-13 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
先谢谢了，接下来订引物，P出结果的话就谢天谢地谢大家
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发表于 2011-8-13 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请楼主,我要扩增的是蓝藻中的微囊藻的g20蛋白基因序列。请问是不是把g20的基因序列贴入其中就行了呢，谢谢好心的楼主
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发表于 2011-8-13 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
感谢楼主，可是我按照你的方法参数范围改得都不能再宽了，
还是出不来，我终于明白我为什么之前那么多引物都做不出了
能否帮我指条明路啊

这是我要扩增的序列，是牛的VDR
是不是也是个极品啊，应该怎样看呢
先谢过了
1 ccccgggcgc cgggagcgcg gagcagcgtg cccacccgca ggaccagagt ccttttggtt
61 ggaagcatct gcgaaccctc acagaagggc accccttggc ctgacttccc tgtccccctg
121 ctcctacagc tatggaggcg actgcggcca gcacttcctt acctgaccct ggcgactttg
181 accggaacgt gccccggatc tgtggggtgt gcggggaccg agccaccggc ttccatttca
241 acgctatgac ctgcgaaggc tgcaaaggct tcttcaggcg gagcatgaag cggaaggcgc
301 tgttcacctg tcccttcaat ggagactgcc gcatcaccaa ggacaaccgc cgccactgcc
361 aggcctgccg gctgaagcgc tgtattgaca tcggcatgat gaaggaattc atcctgactg
421 atgaagaagt gcagcggaag cgggagatga tcctcaagcg gaaggaggag gaggccttga
481 aggacagcct gcggccgaag ctgtcagagg agcagcagcg catcatcacc accctgctgg
541 aagcccacca caagacctac gacgacacct actccgactt cagccagttc cggcctccag
601 ttcgcaacag tgaggacgag gggaaccgtc ctttgaggtc gatactcacg cccagcttct
661 ctggaaactc atcctcctcc tgttcggatc actgtacctc ctctccagac acaatggagc
721 caaccagctt ctccaaccag gatctgaatg aagaagactc cgatgaccct tctgtgaccc
781 tggacctgtc ccagctctcc atgctgcccc acctggctga cctggtcagt tatagcatcc
841 agaaggtcat cggctttgcc aagatgatcc cagggttcag agacctcacc cctgaggacc
901 agatcgtgct gctgaagtcg agtgccattg aagtcatcat gcttcgctcc aaccagtcct
961 tcaccctgga cgacgacatg tcctggacct gtggcagccc ggactacaag taccaagtca
1021 gcgacgtgac cagagccgga cacagcctgg agctcattga gcccctcatc aagttccagg
1081 tggggctgaa gaagctgaat ttgcacgaag aggaacatgt cctgctcatg gccatctgca
1141 ttgtctcccc agaccgccct ggagtgcagg acgcagcact ggtcgaggcc atccaggacc
1201 gcctgtccaa cacgctgcag acctacatcc gctgccgcca cccgccccca ggcagccacc
1261 tgctctacgc caagatgatc cagaagctgg cggacctgcg cagcctgaac gaggagcact
1321 ccaagcagta ccgctgcctc tccttccagc ccgagtccag catgaagctc acacccctcc
1381 tgttcgaggt gtttggcaac gagatctcct ga
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发表于 2011-8-13 17:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主真的是好人啊！也帮我个忙，可以嘛？！
我要用RT-PCR的方法和基因克隆手段构建suPAR（人可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体，soluble urokinase-type plasminogen activator receptor， suPAR）的重组表达质粒DNA。用真核表达载体如PCDNA3.1(+)来构建质粒嘛？请帮忙设计引物可以不？
模板序列如下：
gene="SUPAR"
ORIGIN
1 agagaagacg tgcagggacc ccgcgcacag gagctgccct cgcgacatgg gtcacccgcc
61 gctgctgccg ctgctgctgc tgctccacac ctgcgtccca gcctcttggg gcctgcggtg
121 catgcagtgt aagaccaacg gggattgccg tgtggaagag tgcgccctgg gacaggacct
181 ctgcaggacc acgatcgtgc gcttgtggga agaaggagaa gagctggagc tggtggagaa
241 aagctgtacc cactcagaga agaccaacag gaccctgagc tatcggactg gcttgaagat
301 caccagcctt accgaggttg tgtgtgggtt agacttgtgc aaccagggca actctggccg
361 ggctgtcacc tattcccgaa gccgttacct cgaatgcatt tcctgtggct catcagacat
421 gagctgtgag aggggccggc accagagcct gcagtgccgc agccctgaag aacagtgcct
481 ggatgtggtg acccactgga tccaggaagg tgaagaaggg cgtccaaagg atgaccgccc
541 actccgtggc tgtggctacc ttcccggctg cccgggctcc aatggtttcc acaacaacga
601 caccttccac ttcctgaaat gctgcaacac caccaaatgc aacgagggcc caatcctgga
661 gcttgaaaat ctgccgcaga atggccgcca gtgttacagc tgcaagggga acagcaccca
721 tggatgctcc tctgaagaga ctttcctcat tgactgccga ggccccatga atcaatgtct
781 ggtagccacc ggcactcacg aaccgaaaaa ccaaagctat atggtaagag gctgtgcaac
841 cgcctcaatg tgccaacatg cccacctggg tgacgccttc agcatgaacc acattgatgt
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发表于 2011-8-13 17:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我一直使用这个cuturl('http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/dnaworks2.html')
也非常不错！
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 小中大
不过后面如果出现较多的特殊体系标志的话，建议多改几个参数，尝试一下。一年半多没用了，发现自己退化的厉害！！
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发表于 2011-8-13 17:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问下：我怎么选择目的扩增序列?我先开始把整个基因序列都拷进去了,结果就出来一头一尾的引物!

那用这个软件的前提是我得选择一个好片段，这一步有又应该怎么做呢？
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发表于 2011-8-13 17:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
The end anneal range was too stringent, no primers were found in that range


出现了这个提示之后我应该怎么调整呢？

Primer Annealing [info]
Self Anneal: 24 Self End Anneal:12 Pair Anneal: 24 Pair End Anneal: 12

我应该往哪个方向调呢？是往小还是往大呢？能给个具体的例子吗？

多谢！
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发表于 2011-8-13 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
还有就是GC含量的问题，应该不能往下调吧？那最多和最少的参数调过之后是不是最适的也得调呢？
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